100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2713 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  100 
 
 
222 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  65.37 
 
 
224 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  65.85 
 
 
218 aa  303  1.0000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  67.15 
 
 
244 aa  291  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  66.02 
 
 
244 aa  285  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  60.27 
 
 
221 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  40.78 
 
 
214 aa  160  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  30.18 
 
 
215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  29.63 
 
 
222 aa  98.6  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  32.84 
 
 
201 aa  96.3  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  31.55 
 
 
201 aa  95.5  6e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  32.29 
 
 
218 aa  94.7  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  33.18 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  30.39 
 
 
201 aa  88.6  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  29.13 
 
 
201 aa  87.4  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  29.38 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  29.9 
 
 
201 aa  83.2  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  29.9 
 
 
201 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  31.5 
 
 
254 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  31.25 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  31.88 
 
 
209 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  31.07 
 
 
202 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  31.5 
 
 
254 aa  76.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  31.5 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  31.5 
 
 
254 aa  74.7  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  31 
 
 
254 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  28.78 
 
 
213 aa  71.6  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.03 
 
 
261 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.53 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  31.53 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.54 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  31.03 
 
 
261 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  31.03 
 
 
261 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  31.03 
 
 
261 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.54 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  30.54 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  28.16 
 
 
198 aa  63.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  32.18 
 
 
259 aa  61.6  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  28.21 
 
 
197 aa  60.8  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4345  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  26.9 
 
 
287 aa  52  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.159228  normal  0.236917 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4303  hypothetical protein  25.86 
 
 
229 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  43.48 
 
 
250 aa  50.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4105  HupC/HyaC/HydC family protein  33.33 
 
 
270 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  27.51 
 
 
388 aa  48.9  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0016  HupC/HyaC/HydC family protein  30.1 
 
 
266 aa  47.8  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0865  cytochrome B561  28.67 
 
 
288 aa  47.8  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6423  cytochrome b561  26.42 
 
 
198 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  24.3 
 
 
280 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.59 
 
 
353 aa  47.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1961  hypothetical protein  25.81 
 
 
263 aa  47.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  36.08 
 
 
280 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2350  hypothetical protein  30.23 
 
 
280 aa  47  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.772362  normal  0.605927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4155  hypothetical protein  25.21 
 
 
242 aa  47  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187759  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.14 
 
 
390 aa  47.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2989  thiosulfate reductase cytochrome b subunit (membrane anchoring protein)  28.27 
 
 
210 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.93 
 
 
211 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  62.5 
 
 
244 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0019  HupC/HyaC/HydC family protein  26.67 
 
 
269 aa  46.6  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  33.71 
 
 
285 aa  46.2  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.93 
 
 
211 aa  46.2  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0163  nickel-iron hydrogenase, small subunit  31.43 
 
 
228 aa  46.2  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.979082  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3100  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28.21 
 
 
248 aa  45.8  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.412643 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3146  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  29.76 
 
 
258 aa  45.8  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0114554  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  21.93 
 
 
211 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6765  putative transmembrane hydrogenase cytochrome b-type subunit  26.18 
 
 
223 aa  45.4  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.37 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.37 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.37 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0337  hypothetical protein  27.75 
 
 
209 aa  45.4  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061183  normal  0.0250928 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.37 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  22.37 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1295  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.25 
 
 
243 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00118042  normal  0.526274 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  21.65 
 
 
211 aa  44.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.59 
 
 
408 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2178  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  26.42 
 
 
208 aa  44.3  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.07 
 
 
384 aa  43.9  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  56.25 
 
 
242 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3285  hypothetical protein  23.04 
 
 
227 aa  43.5  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318834  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4896  hypothetical protein  22.73 
 
 
225 aa  43.5  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.887207  decreased coverage  0.000752171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  56.25 
 
 
242 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1163  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  48.65 
 
 
239 aa  43.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2995  thiosulfate reductase cytochrome B subunit (membrane anchoring protein)-like protein  26.63 
 
 
210 aa  42.4  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1277  cytochrome B561  29.44 
 
 
232 aa  42.7  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.258136  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2149  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.76 
 
 
261 aa  42.4  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0320701  normal  0.217874 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3601  hypothetical protein  22.69 
 
 
206 aa  42.4  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.894877  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1107  cytochrome b561  26.7 
 
 
210 aa  42.4  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.342144  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  34.67 
 
 
224 aa  42.4  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0619  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  24.73 
 
 
212 aa  42.4  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1813  cytochrome B561  37.78 
 
 
299 aa  42.4  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.876727  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  34.67 
 
 
224 aa  42  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  34.67 
 
 
224 aa  42  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1152  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  52.94 
 
 
254 aa  42  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.955059  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2087  hypothetical protein  21.65 
 
 
285 aa  42  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000659531  hitchhiker  0.0000000000148039 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3373  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  26.24 
 
 
263 aa  41.6  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.262475  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>