267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0004 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
324 aa  660    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 
632 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.88 
 
 
598 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.01 
 
 
338 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.39 
 
 
449 aa  140  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.01 
 
 
338 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  31.76 
 
 
482 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.86 
 
 
482 aa  138  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  30.7 
 
 
380 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  27.92 
 
 
503 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.24 
 
 
364 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  28.97 
 
 
440 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  30.25 
 
 
584 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  30.88 
 
 
415 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  30.32 
 
 
594 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  30.15 
 
 
541 aa  122  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.22 
 
 
451 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 
658 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.85 
 
 
446 aa  116  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  32.3 
 
 
377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  29.43 
 
 
563 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  32.08 
 
 
479 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  27 
 
 
320 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  27 
 
 
320 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.79 
 
 
310 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.97 
 
 
343 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  30.22 
 
 
449 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  30.22 
 
 
449 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.93 
 
 
332 aa  102  9e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  30.22 
 
 
449 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  30.77 
 
 
479 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  26.81 
 
 
382 aa  99.8  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.52 
 
 
315 aa  95.5  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  27.76 
 
 
374 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  26.34 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  29.96 
 
 
568 aa  89.7  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  27.41 
 
 
323 aa  86.7  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  27.64 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  39.68 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  27.64 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  27.83 
 
 
236 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.09 
 
 
394 aa  76.3  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  25.5 
 
 
307 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.26 
 
 
400 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  26.72 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  23.18 
 
 
393 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07480  putative reverse transcriptase  27.62 
 
 
561 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000108992  normal  0.278112 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  27.78 
 
 
383 aa  63.5  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  28.04 
 
 
585 aa  63.2  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.96 
 
 
420 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.96 
 
 
420 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.96 
 
 
420 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.97 
 
 
446 aa  60.8  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  27.54 
 
 
569 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.54 
 
 
420 aa  60.1  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.97 
 
 
446 aa  60.1  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.5 
 
 
446 aa  59.7  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  27.83 
 
 
585 aa  59.7  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  26.96 
 
 
461 aa  59.7  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  26.96 
 
 
455 aa  59.7  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  25 
 
 
339 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  27.36 
 
 
529 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.47 
 
 
420 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  27.36 
 
 
585 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  28.29 
 
 
568 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.21 
 
 
419 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  27.36 
 
 
529 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  27.36 
 
 
529 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.63 
 
 
434 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.70829 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1430  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.8  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0939  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000533516  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  27.36 
 
 
529 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1257  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.120749  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1089  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000601644  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0093  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0231  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000484003  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
460 aa  57.4  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  26.34 
 
 
571 aa  57  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3486  RNA-directed DNA polymerase  24.71 
 
 
490 aa  57.4  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25 
 
 
470 aa  56.6  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  25.6 
 
 
503 aa  56.6  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0688  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.55 
 
 
390 aa  57  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000168901  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08258  RNA-directed DNA polymerase  24.71 
 
 
504 aa  56.6  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.867561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01090  RNA-directed DNA polymerase  24.71 
 
 
504 aa  56.6  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02583  RNA-directed DNA polymerase  24.71 
 
 
504 aa  56.6  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02249  RNA-directed DNA polymerase  24.31 
 
 
458 aa  56.2  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25 
 
 
470 aa  56.2  0.0000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25 
 
 
470 aa  55.8  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2118  RNA-directed DNA polymerase  26.27 
 
 
490 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
475 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>