221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3129 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
598 aa  1174    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  66.5 
 
 
632 aa  707    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  52.34 
 
 
503 aa  490  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.44 
 
 
482 aa  442  1e-123  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  51.4 
 
 
658 aa  422  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.41 
 
 
449 aa  295  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  38.22 
 
 
482 aa  281  2e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  46.06 
 
 
415 aa  218  2.9999999999999998e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  41.8 
 
 
446 aa  216  9.999999999999999e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  42.25 
 
 
440 aa  192  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  43.05 
 
 
479 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  41.07 
 
 
451 aa  189  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  41.88 
 
 
449 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  41.88 
 
 
449 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  41.08 
 
 
449 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  41.88 
 
 
479 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 
584 aa  182  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.12 
 
 
338 aa  178  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.12 
 
 
338 aa  178  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  37.05 
 
 
541 aa  178  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  33.03 
 
 
320 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  33.03 
 
 
320 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.96 
 
 
364 aa  169  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  34.51 
 
 
594 aa  156  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  35.31 
 
 
563 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  31.97 
 
 
568 aa  148  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  33.88 
 
 
324 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  29.41 
 
 
380 aa  139  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  30.72 
 
 
377 aa  134  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  33.56 
 
 
382 aa  130  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  31.15 
 
 
321 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.91 
 
 
332 aa  114  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  27.3 
 
 
323 aa  97.1  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  28.53 
 
 
323 aa  92.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.72 
 
 
310 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.41 
 
 
343 aa  91.7  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  28.69 
 
 
339 aa  90.5  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  28.57 
 
 
374 aa  87.4  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.87 
 
 
315 aa  87  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  28.25 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  24.88 
 
 
393 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  23.33 
 
 
316 aa  67  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.64 
 
 
470 aa  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.64 
 
 
470 aa  66.2  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.64 
 
 
470 aa  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.64 
 
 
303 aa  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  23.83 
 
 
383 aa  64.3  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.07 
 
 
470 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.07 
 
 
346 aa  63.2  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.07 
 
 
470 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.07 
 
 
470 aa  62.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.07 
 
 
470 aa  63.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  27.22 
 
 
236 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  28.57 
 
 
169 aa  62  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  31.58 
 
 
461 aa  61.6  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  31.58 
 
 
455 aa  61.6  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  30.21 
 
 
434 aa  60.8  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  30.21 
 
 
434 aa  60.8  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.9 
 
 
419 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  30 
 
 
454 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.35 
 
 
420 aa  58.9  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  28.95 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  28.95 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1481  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.92 
 
 
418 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.251743  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  28.17 
 
 
425 aa  58.2  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  29.56 
 
 
529 aa  57.8  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.28 
 
 
446 aa  57.8  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  29.06 
 
 
529 aa  57  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  29.06 
 
 
529 aa  56.2  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1589  RNA-directed DNA polymerase  29.55 
 
 
455 aa  57  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.11 
 
 
420 aa  56.6  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.41 
 
 
400 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  29.06 
 
 
529 aa  56.2  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.11 
 
 
420 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.11 
 
 
420 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.11 
 
 
420 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.75 
 
 
446 aa  55.1  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  26.92 
 
 
727 aa  55.1  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.75 
 
 
446 aa  55.1  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
467 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
429 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
455 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
455 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
455 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
455 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
429 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
429 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 
430 aa  53.9  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06996  Na-directed DNA polymerase  30.56 
 
 
430 aa  53.9  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06379  RNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 
367 aa  53.9  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 
455 aa  54.3  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 
430 aa  53.9  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>