52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1440 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 		 394 aa  816    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  46.97 
 
 		 400 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  30.56 
 
 		 393 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.25 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  30.07 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  29.15 
 
 		 323 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  28.52 
 
 		 323 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  30.81 
 
 		 169 aa  95.5  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.4 
 
 		 338 aa  87  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.4 
 
 		 338 aa  87  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  24.58 
 
 		 594 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  25.09 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.3 
 
 		 364 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  24.12 
 
 		 541 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  27.88 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  27.88 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.45 
 
 		 451 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  22.75 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  25.87 
 
 		 584 aa  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  24.3 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  26.67 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  26.61 
 
 		 382 aa  60.1  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  23.49 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  26.02 
 
 		 479 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  25 
 
 		 449 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.29 
 
 		 482 aa  58.2  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  23.08 
 
 		 563 aa  57.8  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  25 
 
 		 449 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  25 
 
 		 449 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.23 
 
 		 449 aa  56.6  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  23.4 
 
 		 658 aa  53.5  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  25 
 
 		 440 aa  53.1  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  23.47 
 
 		 632 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 		 598 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  24.12 
 
 		 377 aa  50.8  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.54 
 
 		 446 aa  50.4  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  24.22 
 
 		 482 aa  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 		 585 aa  47  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  21.82 
 
 		 568 aa  47  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1347  retron reverse transcriptase  24.12 
 
 		 209 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  29.33 
 
 		 585 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.44 
 
 		 420 aa  45.8  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  26.71 
 
 		 585 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.44 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.44 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.44 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  21.57 
 
 		 495 aa  44.7  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  25.71 
 
 		 236 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  27.14 
 
 		 490 aa  44.3  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0056  reverse transcriptase  27.03 
 
 		 405 aa  43.9  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  23.64 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>