45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_3135 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  100 
 
 		 236 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  36.56 
 
 		 323 aa  139  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.78 
 
 		 310 aa  121  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.14 
 
 		 315 aa  121  9e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  33.03 
 
 		 321 aa  108  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  31.96 
 
 		 594 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.26 
 
 		 364 aa  87  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  32.51 
 
 		 541 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  30.22 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  29.55 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  29.55 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  27.35 
 
 		 584 aa  77.8  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  27.83 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.52 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.52 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  28.84 
 
 		 568 aa  72.8  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  26.41 
 
 		 482 aa  72.4  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  30.7 
 
 		 563 aa  68.6  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  27.46 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.39 
 
 		 598 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  27.86 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.97 
 
 		 482 aa  60.1  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.55 
 
 		 451 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.25 
 
 		 343 aa  58.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  22.98 
 
 		 440 aa  57.8  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  28.31 
 
 		 632 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  26.14 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  29.6 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  25.14 
 
 		 323 aa  53.9  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  24.71 
 
 		 503 aa  52.8  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  25.71 
 
 		 415 aa  52  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.29 
 
 		 332 aa  52  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.56 
 
 		 449 aa  52  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  29.69 
 
 		 479 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  29.69 
 
 		 479 aa  49.7  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  30.06 
 
 		 658 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  27.34 
 
 		 449 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  27.34 
 
 		 449 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  27.34 
 
 		 449 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  24.46 
 
 		 374 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.46 
 
 		 400 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.71 
 
 		 394 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0072  hypothetical protein  30.15 
 
 		 1039 aa  43.1  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  23.03 
 
 		 323 aa  42  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>