158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0800 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
377 aa  786    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  44 
 
 
380 aa  325  1e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 
382 aa  223  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.83 
 
 
338 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.83 
 
 
338 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.86 
 
 
449 aa  142  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  31.38 
 
 
482 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.42 
 
 
482 aa  136  7.000000000000001e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  28.9 
 
 
503 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.16 
 
 
598 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  33.65 
 
 
658 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  30.26 
 
 
449 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  30.26 
 
 
449 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  30.27 
 
 
415 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  32.13 
 
 
632 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.1 
 
 
446 aa  122  8e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  28.66 
 
 
440 aa  122  9e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  29.97 
 
 
449 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  30.06 
 
 
584 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  25.7 
 
 
320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  25.7 
 
 
320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  32.3 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.99 
 
 
451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  30.36 
 
 
594 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  29.62 
 
 
479 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  27.74 
 
 
479 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.92 
 
 
332 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  27.61 
 
 
541 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  29.87 
 
 
563 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  28.17 
 
 
321 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.04 
 
 
364 aa  103  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  29.46 
 
 
568 aa  99.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.66 
 
 
310 aa  96.7  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.33 
 
 
343 aa  79.7  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  31.87 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  28.51 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.36 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  27.78 
 
 
323 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  27.86 
 
 
236 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  24.8 
 
 
529 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  24.8 
 
 
529 aa  59.7  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.18 
 
 
346 aa  59.7  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  24.8 
 
 
529 aa  59.7  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  24.8 
 
 
529 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.18 
 
 
303 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.75 
 
 
420 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.41 
 
 
467 aa  58.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.57 
 
 
472 aa  58.2  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.418772  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.5  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.5  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.5  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.5  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  23.66 
 
 
393 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.45 
 
 
470 aa  58.2  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  25.77 
 
 
383 aa  57  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.67 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.42 
 
 
472 aa  55.5  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.03 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000244111  hitchhiker  0.000000045445 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0883  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.03 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00469922  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.44 
 
 
419 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.67 
 
 
400 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2298  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.03 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0152  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.03 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.765246  normal  0.510076 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.42 
 
 
472 aa  55.5  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0849  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.03 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.141781  normal  0.131758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0626  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.2 
 
 
441 aa  53.5  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000304657  hitchhiker  0.00000002328 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.64 
 
 
420 aa  53.1  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2180  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.48 
 
 
434 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00037099  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.64 
 
 
420 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  28.67 
 
 
169 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.64 
 
 
420 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1841  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.91 
 
 
448 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2412  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.91 
 
 
448 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.64 
 
 
420 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1127  RNA-directed DNA polymerase  23.92 
 
 
449 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.961113  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2831  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.71 
 
 
469 aa  51.2  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.12 
 
 
394 aa  50.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  23.83 
 
 
374 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  21.74 
 
 
425 aa  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  25.13 
 
 
569 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  26.49 
 
 
316 aa  49.3  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1671  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.79 
 
 
467 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1707  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.79 
 
 
467 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2349  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.79 
 
 
467 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.79 
 
 
467 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4543  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.79 
 
 
467 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.71 
 
 
446 aa  48.1  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.66 
 
 
446 aa  48.9  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0963  RNA-directed DNA polymerase  22.12 
 
 
413 aa  47.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0470152  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1076  RNA-directed DNA polymerase  22.12 
 
 
413 aa  47.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>