115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0293 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
315 aa  643    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.16 
 
 
310 aa  209  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  32.79 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  37.86 
 
 
323 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  31.46 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  31.46 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  35.14 
 
 
236 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.89 
 
 
338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.89 
 
 
338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.3 
 
 
449 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  28.52 
 
 
324 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.31 
 
 
482 aa  95.5  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  28.81 
 
 
632 aa  94  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
380 aa  90.1  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.87 
 
 
598 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
594 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  25.33 
 
 
482 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  25.61 
 
 
440 aa  82  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  26.76 
 
 
316 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.17 
 
 
451 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  28.82 
 
 
415 aa  79.3  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.72 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  28.32 
 
 
479 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  28.88 
 
 
658 aa  75.9  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  26.87 
 
 
563 aa  75.5  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  28.89 
 
 
584 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.02 
 
 
364 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  26.96 
 
 
449 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  26.96 
 
 
449 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  26.23 
 
 
568 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  23.88 
 
 
503 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  27.17 
 
 
449 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  25.36 
 
 
377 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.78 
 
 
446 aa  69.7  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  22.26 
 
 
541 aa  68.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  26.91 
 
 
479 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  26.32 
 
 
383 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  24.18 
 
 
382 aa  65.9  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.08 
 
 
343 aa  59.3  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  30.85 
 
 
374 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  28.38 
 
 
585 aa  52.4  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3148  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.11 
 
 
315 aa  50.4  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.444355  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  25.49 
 
 
529 aa  49.7  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  25.49 
 
 
529 aa  49.3  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  25.49 
 
 
529 aa  48.9  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  25.49 
 
 
529 aa  48.9  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  25.9 
 
 
169 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2219  RNA-directed DNA polymerase  28.92 
 
 
473 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.309546 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  24.76 
 
 
339 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  24.1 
 
 
307 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  28.32 
 
 
585 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.84 
 
 
467 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  27.56 
 
 
571 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.08 
 
 
337 aa  47.8  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0908163  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.18 
 
 
346 aa  47  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1846  group II intron-encoding maturase  28.92 
 
 
473 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0227105  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3172  group II intron-encoding maturase  28.92 
 
 
473 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3820  group II intron-encoding maturase  28.92 
 
 
473 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.336915 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  46.6  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0635  group II intron-encoding maturase  28.31 
 
 
473 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1250  group II intron-encoding maturase  28.92 
 
 
473 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1252  group II intron-encoding maturase  28.92 
 
 
473 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.811711  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1624  group II intron-encoding maturase  28.92 
 
 
473 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817921  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3868  group II intron-encoding maturase  28.31 
 
 
473 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  46.2  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  46.2  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  46.2  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  45.8  0.0009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  45.8  0.0009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.49 
 
 
470 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1982  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.29 
 
 
1031 aa  45.1  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.675546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3149  RNA-directed DNA polymerase  26.36 
 
 
565 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0475182  normal  0.0238901 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.84 
 
 
475 aa  44.3  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  27.88 
 
 
585 aa  43.9  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06379  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
367 aa  44.3  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01811  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02490  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02652  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02975  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.5  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03266  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.5  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.5  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.5  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05463  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05916  RNA-directed DNA polymerase  24.29 
 
 
430 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>