44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1473 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  100 
 
 
323 aa  670    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  61.9 
 
 
323 aa  411  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  36.67 
 
 
374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.47 
 
 
343 aa  169  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  31.85 
 
 
393 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  41.1 
 
 
169 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.51 
 
 
400 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.52 
 
 
394 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.93 
 
 
446 aa  97.8  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  28.31 
 
 
632 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.66 
 
 
598 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  26.74 
 
 
320 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  26.74 
 
 
320 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  28.25 
 
 
594 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  30.04 
 
 
584 aa  86.7  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.34 
 
 
338 aa  85.9  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.34 
 
 
338 aa  85.9  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  25 
 
 
541 aa  83.2  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  29.18 
 
 
380 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.37 
 
 
451 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  27.64 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.63 
 
 
364 aa  78.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  24.91 
 
 
482 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  27.27 
 
 
449 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  27.27 
 
 
449 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  26.86 
 
 
449 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  28.86 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  28.86 
 
 
382 aa  73.9  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  28.51 
 
 
377 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  28.86 
 
 
339 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.44 
 
 
449 aa  73.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  28.57 
 
 
479 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.69 
 
 
482 aa  72.8  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  29.86 
 
 
658 aa  72.8  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  27.17 
 
 
503 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  29.02 
 
 
479 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  26.41 
 
 
440 aa  69.3  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  26.29 
 
 
563 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  29.25 
 
 
307 aa  64.3  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.01 
 
 
332 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  25.77 
 
 
568 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  23.98 
 
 
321 aa  55.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  25.14 
 
 
236 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  21.95 
 
 
316 aa  45.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>