38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1348 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  100 
 
 		 169 aa  347  6e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  48.8 
 
 		 393 aa  157  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  41.1 
 
 		 323 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  38.41 
 
 		 323 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  39.18 
 
 		 374 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.2 
 
 		 343 aa  100  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.48 
 
 		 394 aa  92  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.03 
 
 		 400 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  39.68 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  30.52 
 
 		 594 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  30.67 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.59 
 
 		 364 aa  68.6  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  30.11 
 
 		 632 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.59 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.59 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  30.48 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 		 598 aa  62  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  30.11 
 
 		 380 aa  61.6  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.67 
 
 		 449 aa  60.1  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  30.77 
 
 		 658 aa  60.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  27.27 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  27.27 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  24.86 
 
 		 440 aa  58.5  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  28.48 
 
 		 482 aa  58.9  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  29.46 
 
 		 584 aa  56.6  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  29.03 
 
 		 541 aa  54.7  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.19 
 
 		 446 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  27.13 
 
 		 449 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  27.13 
 
 		 449 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  27.13 
 
 		 449 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  28.19 
 
 		 479 aa  52  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  28.67 
 
 		 377 aa  51.6  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.86 
 
 		 482 aa  50.1  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.9 
 
 		 315 aa  48.9  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  26.28 
 
 		 563 aa  48.5  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  24.48 
 
 		 568 aa  48.5  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  28.28 
 
 		 479 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.9 
 
 		 310 aa  41.6  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>