148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1568 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
449 aa  913    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  46.86 
 
 
632 aa  309  8e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  50.78 
 
 
598 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 
503 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.46 
 
 
482 aa  260  4e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  39.7 
 
 
482 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  44.3 
 
 
658 aa  239  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.91 
 
 
446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  39.23 
 
 
415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  39.29 
 
 
449 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  39.54 
 
 
449 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  39.54 
 
 
449 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  41.64 
 
 
479 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  37.36 
 
 
479 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  39.09 
 
 
440 aa  172  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.11 
 
 
451 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.02 
 
 
338 aa  167  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.02 
 
 
338 aa  167  4e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  32.13 
 
 
380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  30.25 
 
 
320 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  30.25 
 
 
320 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  34.75 
 
 
584 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  31.48 
 
 
324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  30.6 
 
 
594 aa  147  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.98 
 
 
364 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  31.86 
 
 
377 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  29.66 
 
 
541 aa  140  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  32.91 
 
 
568 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  31.6 
 
 
563 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  31.06 
 
 
382 aa  127  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
315 aa  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.72 
 
 
310 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  27.6 
 
 
321 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.13 
 
 
332 aa  92.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  29.82 
 
 
323 aa  87.4  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  29.1 
 
 
374 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.24 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  26.11 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  27.63 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  26.17 
 
 
393 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  27.9 
 
 
339 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.95 
 
 
394 aa  62.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  26.37 
 
 
461 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.39 
 
 
400 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  26.64 
 
 
455 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  26.64 
 
 
455 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  28.67 
 
 
169 aa  60.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  23.79 
 
 
316 aa  60.1  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.77 
 
 
429 aa  57  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  19.12 
 
 
383 aa  56.6  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.77 
 
 
429 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0690  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.25 
 
 
429 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2250  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.25 
 
 
429 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.461169  normal  0.551741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3822  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.25 
 
 
429 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.424359 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.77 
 
 
455 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.77 
 
 
429 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.77 
 
 
429 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  26.22 
 
 
455 aa  55.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.59 
 
 
465 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.06 
 
 
455 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.59 
 
 
455 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  23.01 
 
 
236 aa  54.3  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.92 
 
 
419 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  24.73 
 
 
307 aa  53.5  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46020  RNA-directed DNA polymerase  26.88 
 
 
455 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45820  group II intron maturase  26.88 
 
 
455 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.96 
 
 
475 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1589  RNA-directed DNA polymerase  27.05 
 
 
455 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.13 
 
 
470 aa  51.6  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0650  RNA-directed DNA polymerase  23.32 
 
 
495 aa  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.629453  normal  0.520006 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1820  RNA-directed DNA polymerase  23.32 
 
 
495 aa  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000551323  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  21.97 
 
 
455 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.7 
 
 
470 aa  49.3  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.4 
 
 
420 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  22.33 
 
 
461 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.7 
 
 
470 aa  48.5  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1982  CRISPR-associated Cas1 family protein  20.59 
 
 
1031 aa  48.5  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.675546 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  25.35 
 
 
434 aa  47  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  25.35 
 
 
434 aa  47  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2831  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.96 
 
 
469 aa  46.6  0.0009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>