50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3598 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  100 
 
 		 374 aa  772    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  41.72 
 
 		 343 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  37.99 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  34.26 
 
 		 393 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  36.67 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.52 
 
 		 400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.07 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.64 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.64 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  39.18 
 
 		 169 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  27.76 
 
 		 324 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  28.85 
 
 		 632 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.02 
 
 		 598 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  29.91 
 
 		 658 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  31.97 
 
 		 594 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  29.89 
 
 		 320 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.59 
 
 		 449 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  29.89 
 
 		 320 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.61 
 
 		 482 aa  76.6  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.9 
 
 		 364 aa  75.9  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  27.84 
 
 		 584 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  27.67 
 
 		 382 aa  73.2  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  24.9 
 
 		 503 aa  72  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.28 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  29.59 
 
 		 541 aa  68.9  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.05 
 
 		 446 aa  68.9  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  30.6 
 
 		 482 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  24.65 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  23.92 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  25.82 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.23 
 
 		 451 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  23.74 
 
 		 563 aa  60.8  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  28.83 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  29.45 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  29.19 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  29.19 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  24.11 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  24.83 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  28.83 
 
 		 479 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  26.49 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.85 
 
 		 315 aa  53.9  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  24.7 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  22.94 
 
 		 568 aa  50.8  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  23.83 
 
 		 377 aa  50.4  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  28.24 
 
 		 323 aa  50.1  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.15 
 
 		 310 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  24.46 
 
 		 236 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3976  hypothetical protein  29.46 
 
 		 579 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.228372 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1235  hypothetical protein  31.53 
 
 		 311 aa  43.9  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.192457 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2333  hypothetical protein  33.85 
 
 		 505 aa  43.1  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.823188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>