266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_1389 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
632 aa  1224    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  65.06 
 
 
598 aa  714    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  48.33 
 
 
503 aa  486  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.5 
 
 
482 aa  457  1e-127  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  51.93 
 
 
658 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  46.04 
 
 
449 aa  293  5e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  33.47 
 
 
482 aa  247  6e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  45.14 
 
 
415 aa  203  8e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  44.52 
 
 
440 aa  192  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  41.1 
 
 
446 aa  192  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  43.19 
 
 
479 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.07 
 
 
451 aa  189  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  41.69 
 
 
449 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  41.69 
 
 
449 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  38.99 
 
 
584 aa  187  6e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  41.04 
 
 
449 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  41.69 
 
 
479 aa  182  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  34.63 
 
 
541 aa  179  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  31.74 
 
 
320 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  31.74 
 
 
320 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.8 
 
 
364 aa  176  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.66 
 
 
338 aa  173  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.66 
 
 
338 aa  173  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  32.39 
 
 
594 aa  158  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  33.86 
 
 
563 aa  152  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  27.88 
 
 
380 aa  151  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 
324 aa  148  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 
382 aa  144  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  32.93 
 
 
568 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  32.26 
 
 
321 aa  123  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  32.13 
 
 
377 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.58 
 
 
332 aa  107  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.74 
 
 
343 aa  101  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.81 
 
 
315 aa  93.2  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  28.14 
 
 
323 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  28.85 
 
 
374 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.57 
 
 
310 aa  86.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  25.3 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  27.96 
 
 
339 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  24.46 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  25.56 
 
 
393 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  30.19 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  30.19 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  26.4 
 
 
383 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  26.45 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.15 
 
 
303 aa  67  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.15 
 
 
470 aa  66.6  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  30.11 
 
 
169 aa  66.6  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.15 
 
 
470 aa  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.15 
 
 
470 aa  66.2  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  29.91 
 
 
434 aa  65.1  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  29.91 
 
 
434 aa  65.1  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.64 
 
 
346 aa  63.9  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.64 
 
 
470 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.64 
 
 
470 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.46 
 
 
419 aa  63.5  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.64 
 
 
470 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.57 
 
 
420 aa  63.5  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.57 
 
 
420 aa  63.5  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.57 
 
 
420 aa  63.5  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.64 
 
 
470 aa  63.5  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  29.59 
 
 
461 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.35 
 
 
420 aa  62  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.65 
 
 
455 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  26.94 
 
 
425 aa  61.6  0.00000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  30.27 
 
 
461 aa  60.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  30.27 
 
 
455 aa  60.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  27.14 
 
 
727 aa  60.8  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.03 
 
 
420 aa  60.5  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1589  RNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 
455 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
429 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01366  hypothetical maturase  26.85 
 
 
423 aa  58.5  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.702192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
429 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
429 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.65 
 
 
446 aa  58.2  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  28.74 
 
 
236 aa  57.8  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0690  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.89 
 
 
429 aa  57.4  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2250  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.89 
 
 
429 aa  57.4  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.461169  normal  0.551741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3822  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.89 
 
 
429 aa  57.4  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.424359 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
455 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2660  putative reverse transcriptase-maturase- endonucleas  28.49 
 
 
455 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.08 
 
 
429 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.76 
 
 
465 aa  57.4  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02784  hypothetical maturase  26.85 
 
 
423 aa  57  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59847  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5396  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.49 
 
 
456 aa  57  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.476043  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00457  hypothetical maturase  28.24 
 
 
423 aa  57  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03266  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
430 aa  56.2  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
430 aa  56.2  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00759  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
430 aa  56.6  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
430 aa  56.6  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.11 
 
 
475 aa  55.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03030  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
430 aa  56.2  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06609  RNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
430 aa  56.2  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>