92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1363 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 380 aa  791    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  44 
 
 		 377 aa  325  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  40.87 
 
 		 382 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.8 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.8 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  33.81 
 
 		 415 aa  156  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 503 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  28.04 
 
 		 632 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.52 
 
 		 449 aa  146  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.17 
 
 		 482 aa  139  8.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.26 
 
 		 598 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  30.7 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 		 451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  31.29 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  31.29 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 		 446 aa  127  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  28.7 
 
 		 658 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  31.43 
 
 		 482 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  26.16 
 
 		 440 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  29.24 
 
 		 479 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  29.69 
 
 		 449 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  29.69 
 
 		 449 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  28.94 
 
 		 449 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  27.5 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  29.14 
 
 		 479 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  28.47 
 
 		 541 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  26.42 
 
 		 594 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  28.15 
 
 		 584 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.96 
 
 		 364 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.81 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 		 323 aa  94.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.98 
 
 		 315 aa  90.1  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  26.09 
 
 		 563 aa  83.6  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  29.18 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  27 
 
 		 568 aa  79.7  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  24.92 
 
 		 393 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  25.52 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  27.46 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  30.11 
 
 		 169 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.75 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  26.05 
 
 		 316 aa  53.9  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  24.7 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0622  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.16 
 
 		 603 aa  50.4  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000352823  hitchhiker  0.00000108768 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.16 
 
 		 603 aa  50.4  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.229974  normal  0.255999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  23.36 
 
 		 307 aa  50.4  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  24.18 
 
 		 425 aa  48.9  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1982  CRISPR-associated Cas1 family protein  24.87 
 
 		 1031 aa  48.5  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.675546 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.38 
 
 		 475 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  26.88 
 
 		 727 aa  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  24.62 
 
 		 339 aa  47.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0086  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.07 
 
 		 493 aa  47.4  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  25 
 
 		 383 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0883  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.65 
 
 		 466 aa  46.6  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00469922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0152  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.65 
 
 		 466 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.765246  normal  0.510076 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4446  group II intron-encoding maturase, putative  26.9 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.687408  hitchhiker  0.0000544163 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.88 
 
 		 465 aa  45.4  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0849  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.65 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.141781  normal  0.131758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.65 
 
 		 466 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000244111  hitchhiker  0.000000045445 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2298  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.65 
 
 		 466 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  24.87 
 
 		 529 aa  45.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  23.88 
 
 		 455 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2627  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.46 
 
 		 493 aa  44.7  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.332645  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  23.88 
 
 		 455 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  24.87 
 
 		 529 aa  44.7  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  24.87 
 
 		 529 aa  44.3  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.64 
 
 		 394 aa  43.9  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2180  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.68 
 
 		 434 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00037099  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.66 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.08 
 
 		 346 aa  43.9  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  24.34 
 
 		 529 aa  43.5  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2412  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.68 
 
 		 448 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1841  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.68 
 
 		 448 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.08 
 
 		 303 aa  43.5  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.19 
 
 		 420 aa  43.5  0.007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.08 
 
 		 470 aa  43.1  0.009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.08 
 
 		 470 aa  43.1  0.009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2231  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.15 
 
 		 411 aa  42.7  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000756298 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>