135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3095 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  100 
 
 
440 aa  861    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.58 
 
 
451 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  40.67 
 
 
479 aa  262  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.08 
 
 
446 aa  259  8e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  42.2 
 
 
449 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  41.32 
 
 
479 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  42.18 
 
 
449 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  42.18 
 
 
449 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  43.64 
 
 
415 aa  234  3e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.55 
 
 
598 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  43.08 
 
 
632 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  33.84 
 
 
503 aa  199  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.64 
 
 
482 aa  184  4.0000000000000006e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.26 
 
 
449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  32.41 
 
 
482 aa  164  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  45.71 
 
 
658 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  33.22 
 
 
584 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.87 
 
 
338 aa  145  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.87 
 
 
338 aa  145  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.93 
 
 
364 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  28.17 
 
 
541 aa  130  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  30 
 
 
324 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  28.62 
 
 
320 aa  126  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  28.62 
 
 
320 aa  126  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  26.16 
 
 
380 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  27.88 
 
 
377 aa  123  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  27.1 
 
 
594 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  32.09 
 
 
382 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  28.82 
 
 
563 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  28.76 
 
 
568 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  26.07 
 
 
321 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.61 
 
 
315 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.26 
 
 
310 aa  79  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  25.5 
 
 
323 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.14 
 
 
332 aa  73.6  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  26.72 
 
 
323 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.56 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  22.55 
 
 
383 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  23.92 
 
 
374 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  25.77 
 
 
339 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  22.38 
 
 
393 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.27 
 
 
420 aa  61.6  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  24.86 
 
 
169 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  23.4 
 
 
236 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  23.9 
 
 
323 aa  59.7  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.25 
 
 
419 aa  59.7  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  29.55 
 
 
455 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  29.55 
 
 
461 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  57.4  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  57.4  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  57.4  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  57.4  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  57  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.98 
 
 
465 aa  57  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  56.6  0.0000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
346 aa  56.2  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
470 aa  56.6  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.24 
 
 
394 aa  55.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  20.13 
 
 
316 aa  55.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
303 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.47 
 
 
467 aa  53.9  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.62 
 
 
475 aa  53.9  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  24.42 
 
 
425 aa  53.5  0.000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  25.18 
 
 
307 aa  53.5  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1671  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.63 
 
 
467 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1707  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.63 
 
 
467 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2349  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.63 
 
 
467 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.63 
 
 
467 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4543  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.63 
 
 
467 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.37 
 
 
420 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.37 
 
 
420 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.37 
 
 
420 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.7 
 
 
446 aa  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.7 
 
 
446 aa  51.2  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  30.51 
 
 
434 aa  50.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  30.51 
 
 
434 aa  50.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.84 
 
 
455 aa  49.7  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.23 
 
 
446 aa  49.3  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>