63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2611 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  100 
 
 		 383 aa  761    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  22.81 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.51 
 
 		 482 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.22 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.19 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  32.88 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  28.83 
 
 		 479 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  29.48 
 
 		 482 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.32 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  31.16 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  26.4 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  25.89 
 
 		 503 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.14 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.32 
 
 		 598 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  25.82 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  25.82 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  25.43 
 
 		 479 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  26.22 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  26.22 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  26.22 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.28 
 
 		 446 aa  63.5  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  27.78 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  25.32 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  27.22 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.33 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.33 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  24.26 
 
 		 658 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  31.2 
 
 		 563 aa  57.8  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  25.77 
 
 		 377 aa  57  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  29.6 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  20.85 
 
 		 449 aa  55.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1035  hypothetical protein  26.64 
 
 		 482 aa  53.9  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1977  hypothetical protein  26.64 
 
 		 482 aa  53.9  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1253  hypothetical protein  26.64 
 
 		 482 aa  53.9  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  22.09 
 
 		 584 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  40.74 
 
 		 382 aa  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  24.42 
 
 		 594 aa  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.71 
 
 		 364 aa  49.3  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 380 aa  47.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5396  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.41 
 
 		 456 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.476043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  29.82 
 
 		 731 aa  47  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  28.95 
 
 		 731 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5465  hypothetical protein  26.95 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2053  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.93 
 
 		 465 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.307636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.45 
 
 		 472 aa  43.5  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.45 
 
 		 472 aa  43.5  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.06 
 
 		 420 aa  43.1  0.007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.43 
 
 		 343 aa  43.1  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.27 
 
 		 475 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>