124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2043 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
446 aa  919    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.71 
 
 
451 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  44.38 
 
 
440 aa  251  2e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  46.13 
 
 
479 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  42.35 
 
 
479 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  41.86 
 
 
449 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  41.59 
 
 
449 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  41.59 
 
 
449 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  38.86 
 
 
415 aa  224  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  41.43 
 
 
598 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.11 
 
 
449 aa  197  4.0000000000000005e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.5 
 
 
482 aa  195  2e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  41.1 
 
 
632 aa  192  8e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  37.1 
 
 
503 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  33.84 
 
 
482 aa  170  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  44.83 
 
 
658 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.96 
 
 
338 aa  156  6e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.96 
 
 
338 aa  156  6e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  35.27 
 
 
584 aa  140  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  30.16 
 
 
594 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  28.65 
 
 
380 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28 
 
 
364 aa  128  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  29.94 
 
 
320 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  29.94 
 
 
320 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  26.15 
 
 
377 aa  123  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  27.81 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 
324 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  28.97 
 
 
541 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  28.61 
 
 
568 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  29.06 
 
 
563 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  26.39 
 
 
321 aa  98.2  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  26.93 
 
 
323 aa  97.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.57 
 
 
332 aa  86.7  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  30.36 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  24.18 
 
 
393 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  25.23 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.33 
 
 
343 aa  75.9  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.18 
 
 
310 aa  75.1  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  32.05 
 
 
374 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.78 
 
 
315 aa  69.7  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  26.44 
 
 
339 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  26.52 
 
 
236 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  26.28 
 
 
383 aa  63.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  28.29 
 
 
307 aa  62.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
470 aa  61.6  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0829  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
470 aa  61.6  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.880768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
470 aa  61.6  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2224  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
470 aa  61.6  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.321211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0749  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.64 
 
 
470 aa  60.8  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.64 
 
 
470 aa  60.8  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.72 
 
 
346 aa  60.5  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.27 
 
 
470 aa  60.1  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.21 
 
 
303 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.13 
 
 
472 aa  56.2  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.418772  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3730  RNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
340 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.70483 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.46 
 
 
472 aa  55.5  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.46 
 
 
472 aa  55.5  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  27.91 
 
 
455 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  27.91 
 
 
455 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.23 
 
 
420 aa  53.5  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.23 
 
 
420 aa  53.5  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.23 
 
 
420 aa  53.5  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  29.19 
 
 
169 aa  53.1  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.06 
 
 
465 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.54 
 
 
394 aa  51.2  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.94 
 
 
419 aa  50.8  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.73 
 
 
420 aa  50.4  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  20.36 
 
 
316 aa  49.7  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.07 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0849  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.02 
 
 
466 aa  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.141781  normal  0.131758 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2831  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.03 
 
 
469 aa  48.5  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.32 
 
 
446 aa  48.5  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000276308  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0883  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30 
 
 
466 aa  47.4  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00469922  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  26.15 
 
 
461 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  26.15 
 
 
455 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  26.29 
 
 
529 aa  47  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  28.81 
 
 
461 aa  46.6  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2298  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.51 
 
 
466 aa  46.6  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.51 
 
 
466 aa  46.6  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000244111  hitchhiker  0.000000045445 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0152  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.51 
 
 
466 aa  46.6  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.765246  normal  0.510076 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  25.77 
 
 
529 aa  45.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  25.77 
 
 
529 aa  45.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1035  hypothetical protein  27.91 
 
 
482 aa  45.8  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1253  hypothetical protein  27.91 
 
 
482 aa  45.8  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1977  hypothetical protein  27.91 
 
 
482 aa  45.8  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1915  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.8 
 
 
446 aa  45.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.552101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>