54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6088 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  80.81 
 
 		 449 aa  684    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  100 
 
 		 479 aa  959    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  80.81 
 
 		 449 aa  684    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  82.17 
 
 		 449 aa  691    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  79.92 
 
 		 479 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  61.11 
 
 		 451 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  48.33 
 
 		 415 aa  259  9e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  40.67 
 
 		 440 aa  248  1e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  46.13 
 
 		 446 aa  245  9.999999999999999e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.12 
 
 		 482 aa  194  4e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  42.76 
 
 		 632 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.1 
 
 		 598 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  37.68 
 
 		 503 aa  181  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.38 
 
 		 449 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  44.41 
 
 		 658 aa  171  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  31.59 
 
 		 482 aa  158  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  33.52 
 
 		 382 aa  150  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  28.8 
 
 		 541 aa  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  32.32 
 
 		 584 aa  121  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.47 
 
 		 338 aa  118  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.47 
 
 		 338 aa  118  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  30.2 
 
 		 594 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  29.24 
 
 		 380 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  27.74 
 
 		 377 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.17 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  32.08 
 
 		 324 aa  111  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  29.32 
 
 		 568 aa  107  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  29.13 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  29.13 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  25.25 
 
 		 563 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  25.72 
 
 		 321 aa  94  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.32 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.25 
 
 		 343 aa  77.4  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  29.02 
 
 		 323 aa  72.4  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.63 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  28.83 
 
 		 383 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  26.37 
 
 		 323 aa  67  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  23.55 
 
 		 393 aa  67  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  26.22 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.46 
 
 		 310 aa  62.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  25.56 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.49 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  28.83 
 
 		 374 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  20.27 
 
 		 316 aa  55.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  29.44 
 
 		 307 aa  55.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  29.69 
 
 		 236 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  28.28 
 
 		 169 aa  47  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3822  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.72 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.424359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2250  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.72 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.461169  normal  0.551741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0690  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.72 
 
 		 429 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.41 
 
 		 455 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0383  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.61 
 
 		 346 aa  44.3  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1354  RNA-directed DNA polymerase  37.8 
 
 		 495 aa  43.9  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2197  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.19 
 
 		 440 aa  43.5  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.298068  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>