208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0934 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  100 
 
 
568 aa  1179    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  34.62 
 
 
563 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.39 
 
 
364 aa  211  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  42.39 
 
 
584 aa  208  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  32.82 
 
 
594 aa  183  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  35.53 
 
 
541 aa  180  5.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
503 aa  148  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.15 
 
 
598 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 
632 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  30.28 
 
 
482 aa  134  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.77 
 
 
482 aa  125  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.43 
 
 
449 aa  123  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  35.23 
 
 
658 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  31.09 
 
 
320 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  31.09 
 
 
320 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.61 
 
 
446 aa  114  3e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.76 
 
 
338 aa  108  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.76 
 
 
338 aa  108  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  29.32 
 
 
479 aa  107  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
451 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  30.4 
 
 
479 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  29.6 
 
 
449 aa  104  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  28.52 
 
 
440 aa  104  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  30.32 
 
 
449 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  30.32 
 
 
449 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  29.46 
 
 
377 aa  99.4  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  29.45 
 
 
415 aa  95.9  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  25.88 
 
 
382 aa  93.2  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.15 
 
 
332 aa  91.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  29.96 
 
 
324 aa  89.7  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
323 aa  86.3  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  27 
 
 
380 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  26.59 
 
 
321 aa  78.2  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.76 
 
 
310 aa  76.6  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.23 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  28.84 
 
 
236 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  30.54 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  23.79 
 
 
393 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.09 
 
 
455 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  29.86 
 
 
455 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  29.86 
 
 
455 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.6 
 
 
420 aa  64.3  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.4 
 
 
343 aa  63.9  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2660  putative reverse transcriptase-maturase- endonucleas  30.96 
 
 
455 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  28.63 
 
 
455 aa  63.5  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0963  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.14 
 
 
466 aa  62  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000244111  hitchhiker  0.000000045445 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0849  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.14 
 
 
466 aa  62.4  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.141781  normal  0.131758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0152  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.14 
 
 
466 aa  62  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.765246  normal  0.510076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2298  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.14 
 
 
466 aa  62  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
455 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.69 
 
 
429 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.16 
 
 
455 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1589  RNA-directed DNA polymerase  30.11 
 
 
455 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  25.77 
 
 
323 aa  61.6  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.69 
 
 
429 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.16 
 
 
429 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.69 
 
 
429 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0883  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.14 
 
 
466 aa  61.6  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00469922  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  28.8 
 
 
455 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  28.8 
 
 
461 aa  60.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 
461 aa  57  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.83 
 
 
467 aa  57  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.41 
 
 
419 aa  57.4  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  31.52 
 
 
307 aa  57  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  28.1 
 
 
529 aa  56.2  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2219  RNA-directed DNA polymerase  30.86 
 
 
473 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.309546 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.12 
 
 
467 aa  57  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  28.65 
 
 
434 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  28.65 
 
 
434 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45820  group II intron maturase  30.29 
 
 
455 aa  56.2  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46020  RNA-directed DNA polymerase  30.29 
 
 
455 aa  56.2  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  27.62 
 
 
529 aa  55.1  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1245  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.78 
 
 
427 aa  55.5  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.65 
 
 
465 aa  55.1  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.46 
 
 
420 aa  55.1  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  27.62 
 
 
529 aa  54.7  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5396  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.32 
 
 
456 aa  54.7  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.476043  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.05 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>