More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0374 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0374  response regulator receiver protein  100 
 
 		 141 aa  286  7e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4608  response regulator receiver protein  87.05 
 
 		 139 aa  251  3e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.360266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 243 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  35.25 
 
 		 647 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 210 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 212 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2342  response regulator receiver  31.37 
 
 		 212 aa  60.5  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.88989  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 212 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0133  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 115 aa  60.1  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.651583  hitchhiker  0.000285667 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  34.62 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1923  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 1009 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  30 
 
 		 1122 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.66 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.65 
 
 		 919 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2531  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2627  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 240 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.641893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1328  response regulator receiver domain-containing protein  35.96 
 
 		 240 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 1039 aa  57.8  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0214  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  43.75 
 
 		 394 aa  57.8  0.00000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.237963  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 272 aa  57.8  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 921 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  35.09 
 
 		 244 aa  57.4  0.00000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 220 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 220 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 216 aa  57  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  33.59 
 
 		 224 aa  57  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3861  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  37.86 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  31.25 
 
 		 1177 aa  55.5  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  31.58 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.45 
 
 		 352 aa  55.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0445779 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1769  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.221401  normal  0.0578747 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3052  two component LuxR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  33.06 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2159  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.691441 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3108  response regulator receiver domain-containing protein  31.54 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224372  normal  0.488817 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1794  response regulator receiver  29.06 
 
 		 320 aa  55.1  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000277143  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  31.91 
 
 		 351 aa  55.1  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0209  two component LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 223 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 1121 aa  55.1  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2214  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.151552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.85 
 
 		 456 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.2 
 
 		 227 aa  54.7  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  31.58 
 
 		 248 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2098  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 		 547 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000413163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  31.58 
 
 		 248 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  30.91 
 
 		 248 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.26 
 
 		 941 aa  53.9  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 248 aa  53.9  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.01 
 
 		 220 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  32.23 
 
 		 227 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3963  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 168 aa  53.5  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.434689  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2537  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 1222 aa  53.9  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  32.23 
 
 		 227 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 481 aa  53.5  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.481364  normal  0.940549 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3051  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.318857  hitchhiker  0.00830995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3265  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.3 
 
 		 647 aa  53.5  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00025473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0660  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.711341 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 461 aa  53.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  32.76 
 
 		 229 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 925 aa  53.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3851  two component LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 227 aa  53.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 667 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 547 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2282  histidine kinase  32.58 
 
 		 667 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.32 
 
 		 224 aa  53.1  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30910  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  32.84 
 
 		 370 aa  53.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3918  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.734494 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 228 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4245  response regulator receiver domain-containing protein  32.43 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3680  response regulator receiver domain-containing protein  30.4 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.383377  normal  0.047176 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2174  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 633 aa  53.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.634157  normal  0.649523 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2920  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.525877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.09 
 
 		 461 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 231 aa  53.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2806  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 450 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3585  response regulator receiver protein  29.75 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1334  response regulator receiver  28.46 
 
 		 181 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.117946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1597  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  35.96 
 
 		 981 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000711164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.77 
 
 		 735 aa  52  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  24.79 
 
 		 205 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  30.23 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2513  ATP-binding region, ATPase-like  33.9 
 
 		 945 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.543755  normal  0.160676 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  28.07 
 
 		 250 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  26.05 
 
 		 250 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2077  vncR, response regulator  29.75 
 
 		 217 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00119329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>