More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4608 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4608  response regulator receiver protein  100 
 
 		 139 aa  280  7.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.360266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0374  response regulator receiver protein  87.05 
 
 		 141 aa  251  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 243 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  33.85 
 
 		 1122 aa  66.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0133  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.651583  hitchhiker  0.000285667 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 220 aa  60.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  29.75 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2342  response regulator receiver  34.82 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.88989  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 		 1009 aa  59.7  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2024  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 517 aa  58.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2531  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1923  response regulator receiver domain-containing protein  33.6 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.23 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2627  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 240 aa  57.8  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.641893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1328  response regulator receiver domain-containing protein  34.51 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  32.79 
 
 		 647 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 220 aa  57.8  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 212 aa  57  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.67 
 
 		 227 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1102  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2092  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 298 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.81 
 
 		 941 aa  55.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1794  response regulator receiver  29.06 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000277143  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2920  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.525877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0919  two component LuxR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  32.2 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 		 502 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  38.02 
 
 		 412 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  37.04 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2907  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 454 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2537  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 		 1222 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30910  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  31.82 
 
 		 370 aa  55.5  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  33.05 
 
 		 229 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  30.37 
 
 		 1177 aa  54.7  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2820  transcriptional regulatory protein ZraR  28.79 
 
 		 454 aa  54.7  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2077  vncR, response regulator  29.75 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00119329  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1198  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 		 375 aa  54.3  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328285 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.25 
 
 		 937 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1769  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.25 
 
 		 219 aa  54.3  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.221401  normal  0.0578747 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3680  response regulator receiver domain-containing protein  30.71 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.383377  normal  0.047176 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.97 
 
 		 461 aa  54.3  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3861  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.56 
 
 		 456 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1126 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2214  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.151552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  31.78 
 
 		 248 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0214  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  43.75 
 
 		 394 aa  54.3  0.0000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.237963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 209 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 352 aa  53.9  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0445779 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5628  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.3 
 
 		 200 aa  53.9  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.946433  normal  0.876589 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4687  two component transcriptional regulator  32.5 
 
 		 223 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000526997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.6 
 
 		 220 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 212 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  25 
 
 		 250 aa  53.9  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  32.04 
 
 		 228 aa  53.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3052  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 218 aa  52.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02869  chemotaxis protein CheY  31.71 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0269936  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 		 956 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 216 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973321  normal  0.0605156 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4333  response regulator receiver protein  32.85 
 
 		 706 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.742186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 249 aa  53.1  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  36.89 
 
 		 287 aa  53.1  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2712  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3108  response regulator receiver domain-containing protein  27.78 
 
 		 182 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224372  normal  0.488817 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0243  response regulator receiver domain-containing protein  38.02 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 485 aa  53.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 262 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3599  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  34.59 
 
 		 366 aa  53.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.955127  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3116  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 		 215 aa  53.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 308 aa  53.5  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1176  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 126 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149241  normal  0.34315 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3999  adenylate/guanylate cyclase  33.6 
 
 		 351 aa  53.5  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 		 1128 aa  52.8  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 1303 aa  52.8  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13797  two component transcriptional regulatory protein  37.35 
 
 		 286 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.173423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35 
 
 		 772 aa  52.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0616  DNA-binding response regulator VncR  28.1 
 
 		 217 aa  52.4  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 221 aa  52.4  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.06 
 
 		 223 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 216 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 		 647 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 1121 aa  52  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  32.28 
 
 		 225 aa  52.4  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 227 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  32.8 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.16 
 
 		 449 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 227 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  31.78 
 
 		 248 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  30.83 
 
 		 242 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>