59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0400 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0400  hypothetical protein  100 
 
 
662 aa  1356    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0733804  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0347  hypothetical protein  73.83 
 
 
651 aa  988    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.512067  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0255  hypothetical protein  94.9 
 
 
648 aa  1248    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.142183  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0282  hypothetical protein  94.74 
 
 
648 aa  1262    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0294  hypothetical protein  73.31 
 
 
672 aa  964    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3725  hypothetical protein  47.24 
 
 
649 aa  597  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.24696 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0700  hypothetical protein  46.52 
 
 
652 aa  588  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471001  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3622  hypothetical protein  46.61 
 
 
654 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300251  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0382  hypothetical protein  44.91 
 
 
652 aa  565  1.0000000000000001e-159  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.874173  normal  0.0118752 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0829  hypothetical protein  39.28 
 
 
660 aa  484  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0612198  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0900  hypothetical protein  39.28 
 
 
660 aa  483  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347456  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1298  hypothetical protein  41.04 
 
 
659 aa  482  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.594857  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5428  hypothetical protein  40.16 
 
 
672 aa  482  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.832093 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3605  hypothetical protein  39.81 
 
 
653 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.169107  normal  0.037636 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0904  hypothetical protein  39.41 
 
 
658 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1655  hypothetical protein  39.04 
 
 
659 aa  452  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.92413  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4340  hypothetical protein  38 
 
 
655 aa  452  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246276  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3234  hypothetical protein  42.49 
 
 
675 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.220852  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3493  hypothetical protein  39.8 
 
 
709 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000901673 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2415  hypothetical protein  36.64 
 
 
648 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0829723  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0490  hypothetical protein  34.54 
 
 
655 aa  346  8e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4154  GTPase (dynamin-related)-like protein  32.21 
 
 
660 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05110  hypothetical protein  34.37 
 
 
655 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0533  GTPase (dynamin-related)  31.16 
 
 
654 aa  296  6e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2756  hypothetical protein  29.7 
 
 
659 aa  295  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2377  hypothetical protein  29.7 
 
 
659 aa  295  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0503347 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1193  hypothetical protein  24.43 
 
 
614 aa  82  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.108086  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1095  dynamin  25.63 
 
 
588 aa  75.9  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.845511  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3036  dynamin family protein  27.57 
 
 
614 aa  72.8  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0241135  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2994  dynamin family protein  27.57 
 
 
614 aa  72.8  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.214598  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6878  Dynamin family protein  23.19 
 
 
620 aa  63.5  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2424  Dynamin family protein  30.2 
 
 
666 aa  61.2  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2196  dynamin family protein  24.84 
 
 
506 aa  59.7  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000046764 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1273  Dynamin family protein  24.09 
 
 
407 aa  57  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000146438  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2910  dynamin family protein  22.51 
 
 
605 aa  56.2  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.518789  normal  0.400566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0251  hypothetical protein  25.66 
 
 
819 aa  55.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0811563  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2968  dynamin family protein  31.69 
 
 
583 aa  54.7  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1350  dynamin  20.48 
 
 
693 aa  53.1  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0228271 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4205  hypothetical protein  23.64 
 
 
809 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4244  GTPase (dynamin-related)-like protein  23.64 
 
 
809 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.000109098  hitchhiker  0.00000166794 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3460  hypothetical protein  32.04 
 
 
659 aa  52.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0914  Dynamin family protein  37.8 
 
 
548 aa  51.2  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.440355 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3531  dynamin family protein  28.4 
 
 
585 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3727  hypothetical protein  30.77 
 
 
764 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3239  hypothetical protein  33.33 
 
 
669 aa  49.7  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.983308  normal  0.678486 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0337  conserved hypothetical protein, predicted ATP/GTP-binding protein  22.68 
 
 
605 aa  49.7  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1439  Dynamin family protein  38.04 
 
 
546 aa  48.5  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.784928  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2259  Dynamin family protein  22.14 
 
 
444 aa  48.1  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000551632  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4018  hypothetical protein  23.6 
 
 
814 aa  48.1  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.505763 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0322  Dynamin family protein  32 
 
 
585 aa  48.1  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2546  hypothetical protein  21.86 
 
 
719 aa  48.1  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0908682 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1654  dynamin family protein  25.44 
 
 
603 aa  47.8  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.964955 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44250  predicted protein  32.12 
 
 
632 aa  47  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.755773  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0437  GTP-binding protein  29.67 
 
 
692 aa  46.6  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0398  Dynamin family protein  21.34 
 
 
674 aa  45.4  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1377  dynamin family protein  32.26 
 
 
585 aa  45.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1654  dynamin  24.34 
 
 
686 aa  45.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0311974  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2547  dynamin  23.37 
 
 
551 aa  45.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2213  Dynamin family protein  29.6 
 
 
587 aa  44.3  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>