68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4488 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4488  CRISPR-associated Cas1 family protein  100 
 
 		 299 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155164  normal  0.116013 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1030  CRISPR-associated Cas1 family protein  87.29 
 
 		 299 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0344  CRISPR-associated protein Cas1  48.99 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0826483  normal  0.0182764 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3119  CRISPR-associated protein Cas1  35.25 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.679902  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0059  protein of unknown function DUF48  37.5 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1874  CRISPR-associated Cas1 family protein  38.58 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1695  CRISPR-associated Cas1 family protein  38.19 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0098  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.27 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181677  normal  0.510072 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1062  CRISPR-associated protein Cas1  29.7 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2463  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.37 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0610401  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1231  CRISPR-associated Cas1 family protein  35.21 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0895  lipoyl-binding domain-containing protein  32.61 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0287824  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1476  CRISPR-associated Cas1 family protein  33.05 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.095696  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0955  hypothetical protein  42.06 
 
 		 238 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.323915  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0710  hypothetical protein  30.2 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0265881  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0401  CRISPR-associated protein Cas1  35.11 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.455858 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0244  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.88 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1950  CRISPR-associated Cas1 family protein  37.16 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0328  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.4 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf598  hypothetical protein  27.66 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000402858  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2009  CRISPR-associated protein Cas1  27.92 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.515668  normal  0.104859 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0578  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.09 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0010415  normal  0.0764761 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2294  CRISPR-associated protein Cas1  25.54 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1147  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.91 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.253731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1275  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.01 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0357154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0451  hypothetical protein  55.56 
 
 		 114 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0318025  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1903  hypothetical protein  42.37 
 
 		 139 aa  57.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122246  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0573  CRISPR-associated Cas1 family protein  24.54 
 
 		 398 aa  57.8  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00904377  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1633  CRISPR-associated protein Cas1  26.46 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.599733 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0582  CRISPR-associated Cas1 family protein  24.31 
 
 		 401 aa  57  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0780613  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0560  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.25 
 
 		 402 aa  56.2  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00182957  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1982  CRISPR-associated Cas1 family protein  35.4 
 
 		 1031 aa  55.1  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.675546 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0619  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.58 
 
 		 320 aa  55.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0887113  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2462  CRISPR-associated protein Cas1  28.05 
 
 		 325 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.634765 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3218  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.72 
 
 		 331 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000280385  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1123  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.52 
 
 		 294 aa  54.3  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0138486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1718  CRISPR-associated protein Cas1  23.92 
 
 		 325 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.07332e-23 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1289  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.81 
 
 		 306 aa  53.1  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5841  CRISPR-associated protein Cas1  23.58 
 
 		 334 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0450  hypothetical protein  28.89 
 
 		 173 aa  52  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.146666  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0114  CRISPR-associated Cas1 family protein  17.42 
 
 		 322 aa  51.2  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0232185  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0161  hypothetical protein  24.81 
 
 		 330 aa  50.8  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0735  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.79 
 
 		 331 aa  50.8  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0403946  normal  0.187894 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3119  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  29.14 
 
 		 550 aa  50.8  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000141365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0229  CRISPR-associated Cas1 family protein  19.05 
 
 		 326 aa  50.1  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.583054  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0504  CRISPR-associated protein Cas1  24.91 
 
 		 325 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0521  CRISPR-associated protein Cas1  24.91 
 
 		 325 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000250956  hitchhiker  0.00000123897 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1140  CRISPR-associated Cas1 family protein  34.41 
 
 		 290 aa  50.1  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.511238  hitchhiker  0.00000356789 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15210  CRISPR-associated protein Cas1  30.49 
 
 		 325 aa  49.7  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2234  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.36 
 
 		 350 aa  49.3  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.982085  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2838  CRISPR-associated protein Cas1  25.09 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.150798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.04 
 
 		 731 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4330  CRISPR-associated Cas1 family protein  26.15 
 
 		 343 aa  47  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000958951  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0772  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.51 
 
 		 342 aa  46.6  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0567  CRISPR-associated protein Cas1  24.63 
 
 		 337 aa  46.6  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.424472  normal  0.165251 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  25.52 
 
 		 727 aa  46.2  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1074  CRISPR-associated Cas1 family protein  21.43 
 
 		 334 aa  45.8  0.0008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6020  CRISPR-associated protein Cas1  33.33 
 
 		 351 aa  45.8  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0853695  normal  0.491658 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1005  hypothetical protein  26.22 
 
 		 343 aa  45.8  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0263326  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5519  CRISPR-associated protein Cas1  35.53 
 
 		 558 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2659  CRISPR-associated protein Cas1  18.68 
 
 		 330 aa  43.9  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4852  CRISPR-associated protein Cas1  24.6 
 
 		 594 aa  44.3  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.464981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0970  hypothetical protein  20.8 
 
 		 334 aa  43.5  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00123478  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  27.37 
 
 		 731 aa  43.5  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0391  CRISPR-associated protein Cas1  25.42 
 
 		 404 aa  43.1  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5081  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.58 
 
 		 337 aa  42.7  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0927  CRISPR-associated protein Cas1  25.6 
 
 		 207 aa  42.4  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31580  CRISPR-associated protein Cas1  31.03 
 
 		 346 aa  42.4  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>