More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0505 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0505  acetoacetyl-CoA reductase  100 
 
 
241 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0483754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0305  acetoacetyl-CoA reductase  87.5 
 
 
241 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.108778  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0533  acetoacetyl-CoA reductase  86.67 
 
 
241 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7613  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  87.5 
 
 
241 aa  428  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0508  acetoacetyl-CoA reductase  86.25 
 
 
241 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.448115  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3689  acetoacetyl-CoA reductase  86.55 
 
 
241 aa  429  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3061  acetoacetyl-CoA reductase  83.75 
 
 
241 aa  417  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109458  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2997  acetoacetyl-CoA reductase  77.5 
 
 
241 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.685049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0426  acetoacetyl-CoA reductase  77.31 
 
 
241 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1247  acetoacetyl-CoA reductase  74.58 
 
 
241 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4345  acetoacetyl CoA reductase; poly-beta-hydroxybutyrate biosynthesis  76.05 
 
 
241 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.322844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3107  acetoacetyl-CoA reductase  75.21 
 
 
240 aa  359  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2467  acetoacetyl-CoA reductase  73.53 
 
 
241 aa  358  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4149  acetoacetyl-CoA reductase  73.53 
 
 
241 aa  352  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.738636 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2027  acetoacetyl-CoA reductase  72.27 
 
 
241 aa  352  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631295  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3821  acetoacetyl-CoA reductase  72.27 
 
 
241 aa  350  8.999999999999999e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0747  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  72.69 
 
 
240 aa  348  6e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2402  acetoacetyl-CoA reductase  72.69 
 
 
240 aa  348  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5281  acetoacetyl-CoA reductase  73.31 
 
 
242 aa  343  2e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.815871  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5916  acetoacetyl-CoA reductase  72.03 
 
 
242 aa  339  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4780  acetoacetyl-CoA reductase  72.03 
 
 
242 aa  339  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125649  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3116  acetoacetyl-CoA reductase  73.11 
 
 
241 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.937548  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1330  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  68.33 
 
 
240 aa  330  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5119  acetoacetyl-CoA reductase  68.91 
 
 
242 aa  328  7e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28454  normal  0.417051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3668  acetoacetyl-CoA reductase  67.65 
 
 
242 aa  325  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.814536  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3470  acetoacetyl-CoA reductase  67.23 
 
 
242 aa  323  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.887481  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3778  acetoacetyl-CoA reductase  67.23 
 
 
242 aa  323  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576302  normal  0.884276 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0273  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  66.81 
 
 
242 aa  321  8e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3375  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  65.13 
 
 
240 aa  314  6e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4092  acetoacetyl-CoA reductase  63.75 
 
 
240 aa  314  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3067  acetoacetyl-CoA reductase  64.71 
 
 
240 aa  311  6.999999999999999e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1574  acetoacetyl-CoA reductase  63.45 
 
 
241 aa  310  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50991  normal  0.311491 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0492  acetoacetyl-CoA reductase  63.45 
 
 
240 aa  309  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2753  acetoacetyl-CoA reductase  65 
 
 
240 aa  309  2e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4599  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  64.17 
 
 
240 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4514  acetoacetyl-CoA reductase  64.58 
 
 
241 aa  304  8.000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3736  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  63.45 
 
 
240 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1946  acetoacetyl-CoA reductase  64.71 
 
 
242 aa  303  2.0000000000000002e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3212  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  61.25 
 
 
240 aa  303  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0354  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  61.67 
 
 
240 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679576  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2384  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  63.9 
 
 
241 aa  300  2e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.503632 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2255  acetoacetyl-CoA reductase  58.75 
 
 
240 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1609  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  57.14 
 
 
246 aa  276  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.481338 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3123  acetoacetyl-CoA reductase  57.14 
 
 
246 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3065  acetoacetyl-CoA reductase  56.72 
 
 
247 aa  266  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000577101  normal  0.0493909 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5342  acetoacetyl-CoA reductase  55.14 
 
 
251 aa  260  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.684648  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2823  acetoacetyl-CoA reductase  51.03 
 
 
247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  54.32 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2601  acetoacetyl-CoA reductase  53.09 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2744  acetoacetyl-CoA reductase  53.5 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163143  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0193  acetoacetyl-CoA reductase  53.09 
 
 
248 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1337  acetoacetyl-CoA reductase  53.09 
 
 
248 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0166  acetoacetyl-CoA reductase  53.09 
 
 
248 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  52.67 
 
 
277 aa  252  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4127  acetoacetyl-CoA reductase  53.91 
 
 
247 aa  253  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1014  acetoacetyl-CoA reductase  53.09 
 
 
248 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0461  acetoacetyl-CoA reductase  53.5 
 
 
248 aa  252  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.957228  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2690  acetoacetyl-CoA reductase  50.62 
 
 
247 aa  252  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0685514  normal  0.204101 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6555  acetoacetyl-CoA reductase  51.44 
 
 
247 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.660753 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2750  acetoacetyl-CoA reductase  59.43 
 
 
246 aa  249  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.826289  normal  0.454733 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2157  acetoacetyl-CoA reductase  50.21 
 
 
264 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.722529  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2771  acetoacetyl-CoA reductase  50.21 
 
 
264 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0544  acetoacetyl-CoA reductase  49.79 
 
 
247 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5566  acetoacetyl-CoA reductase  50.82 
 
 
248 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.431609  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00406  acetoacetyl-CoA reductase  57.38 
 
 
246 aa  246  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5123  acetoacetyl-CoA reductase  47.33 
 
 
248 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1868  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.22 
 
 
245 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0923783  normal  0.101026 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0924  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.28 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0181  acetoacetyl-CoA reductase  53.69 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0243891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1845  acetyacetyl-CoA reductase  53.28 
 
 
246 aa  241  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.142964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1485  acetyacetyl-CoA reductase  53.69 
 
 
246 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.050583  normal  0.0314041 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6018  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  50.21 
 
 
247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1166  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  52.28 
 
 
247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0201131  normal  0.113287 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1813  acetyacetyl-CoA reductase  52.87 
 
 
246 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.486438 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1358  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  238  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6290  acetyacetyl-CoA reductase  52.87 
 
 
246 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1789  acetyacetyl-CoA reductase  52.87 
 
 
246 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1349  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640594  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2803  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.41 
 
 
245 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000483642 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2782  acetoacetyl-CoA reductase  49.79 
 
 
236 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324542  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2141  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.41 
 
 
245 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.968108  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2341  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25299  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4545  acetoacetyl-CoA reductase  48.97 
 
 
248 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00570408 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5090  acetyacetyl-CoA reductase  52.46 
 
 
246 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.682377  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2257  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
260 aa  237  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0153797  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4412  acetoacetyl-CoA reductase  48.97 
 
 
248 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3819  acetoacetyl-CoA reductase  50.21 
 
 
248 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  normal  0.774133 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1633  acetyacetyl-CoA reductase  52.87 
 
 
246 aa  236  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.389319 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0087  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5895  acetoacetyl-CoA reductase  51.44 
 
 
248 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210588 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1320  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0653328  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4287  acetoacetyl-CoA reductase  50.21 
 
 
248 aa  236  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.250358  normal  0.289691 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5756  acetoacetyl-CoA reductase  52.67 
 
 
249 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.788384  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2329  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
248 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1809  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0410945  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6101  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  49.36 
 
 
236 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2164  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.456725  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2201  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0378854  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1080  acetyacetyl-CoA reductase  52.05 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.597092  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2486  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  52.87 
 
 
248 aa  235  6e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.38654  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>