More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1896 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1896  amidase  100 
 
 		 465 aa  925    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  76.13 
 
 		 466 aa  679    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3471  amidase  89.46 
 
 		 465 aa  803    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4149  amidase  82.33 
 
 		 465 aa  746    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6296  amidase  70.26 
 
 		 464 aa  605  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0413  amidase  66.45 
 
 		 466 aa  585  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0894  amidase  66.88 
 
 		 464 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  61.88 
 
 		 466 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  61.51 
 
 		 467 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  63.46 
 
 		 466 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  63.46 
 
 		 466 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3449  amidase  61.51 
 
 		 467 aa  529  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1407  amidase  61.7 
 
 		 473 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  51.8 
 
 		 478 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  51.18 
 
 		 471 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6072  amidase  50.96 
 
 		 471 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3556  amidase  51.82 
 
 		 473 aa  365  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  39.53 
 
 		 499 aa  302  7.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2400  indoleacetamide hydrolase  45.01 
 
 		 467 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2081  amidase  45.14 
 
 		 524 aa  290  6e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1619  amidase  41.76 
 
 		 485 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.445224  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1577  amidase  38.88 
 
 		 478 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0468  amidase  43.65 
 
 		 438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0410275  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  36.51 
 
 		 469 aa  236  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  39.83 
 
 		 470 aa  236  9e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  35.76 
 
 		 473 aa  193  7e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  33.48 
 
 		 477 aa  186  9e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  33.12 
 
 		 472 aa  184  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  33.12 
 
 		 474 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  32.83 
 
 		 475 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  34.33 
 
 		 472 aa  174  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  36.09 
 
 		 473 aa  173  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  30.56 
 
 		 495 aa  171  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  32.48 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  32.48 
 
 		 494 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  32.69 
 
 		 471 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  32.26 
 
 		 494 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  32.05 
 
 		 494 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  32.62 
 
 		 466 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  31.62 
 
 		 494 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  31.62 
 
 		 494 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  31.62 
 
 		 494 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.09 
 
 		 485 aa  160  7e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.53 
 
 		 486 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  27.55 
 
 		 486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  31.41 
 
 		 496 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  31.73 
 
 		 475 aa  156  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.34 
 
 		 485 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  29.44 
 
 		 468 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.96 
 
 		 486 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  32.24 
 
 		 485 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  29.85 
 
 		 464 aa  152  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  32.47 
 
 		 469 aa  152  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.04 
 
 		 475 aa  150  4e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  31.15 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  33.05 
 
 		 458 aa  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.52 
 
 		 489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  33.67 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  40.07 
 
 		 477 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  34.15 
 
 		 447 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  29.96 
 
 		 475 aa  147  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  32.4 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  30.59 
 
 		 494 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  32.29 
 
 		 480 aa  145  1e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.39 
 
 		 549 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.76 
 
 		 479 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0228  Amidase  32.17 
 
 		 508 aa  143  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  31.48 
 
 		 487 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  27.88 
 
 		 469 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  32.1 
 
 		 477 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  32.57 
 
 		 492 aa  142  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.83 
 
 		 491 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  32.48 
 
 		 473 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  32 
 
 		 463 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  30.64 
 
 		 474 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  34.4 
 
 		 504 aa  140  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  33.7 
 
 		 463 aa  140  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  33.26 
 
 		 521 aa  140  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.92 
 
 		 480 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  28.45 
 
 		 469 aa  140  7e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1679  amidase  31.17 
 
 		 500 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  26.92 
 
 		 486 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  29.52 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.65 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  30.77 
 
 		 459 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4356  amidase  38.08 
 
 		 472 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0637971  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  31.91 
 
 		 480 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  33.26 
 
 		 497 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.79 
 
 		 488 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11900  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  29.56 
 
 		 496 aa  137  4e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1900  amidase  31.12 
 
 		 490 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  33.26 
 
 		 481 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  33.05 
 
 		 467 aa  137  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  32.11 
 
 		 461 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  30.8 
 
 		 490 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  30.19 
 
 		 475 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  32.91 
 
 		 468 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  34.11 
 
 		 472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.76 
 
 		 492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0638  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.88 
 
 		 494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>