More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3556 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3556  amidase  100 
 
 		 473 aa  944    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  67.94 
 
 		 471 aa  611  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  69.15 
 
 		 478 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6072  amidase  68.15 
 
 		 471 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3471  amidase  54.06 
 
 		 465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0413  amidase  51.93 
 
 		 466 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1896  amidase  51.82 
 
 		 465 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  51.07 
 
 		 466 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  51.31 
 
 		 466 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  50.75 
 
 		 467 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  51.53 
 
 		 466 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4149  amidase  51.07 
 
 		 465 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706387  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3449  amidase  51.17 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  49.46 
 
 		 466 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2400  indoleacetamide hydrolase  50.78 
 
 		 467 aa  362  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1407  amidase  49.36 
 
 		 473 aa  355  6.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6296  amidase  48.72 
 
 		 464 aa  352  8e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1619  amidase  46.54 
 
 		 485 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.445224  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0468  amidase  49.75 
 
 		 438 aa  331  2e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0410275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2081  amidase  46.19 
 
 		 524 aa  329  7e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0894  amidase  49.25 
 
 		 464 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  45.63 
 
 		 470 aa  315  9e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  40.54 
 
 		 499 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1577  amidase  43.68 
 
 		 478 aa  311  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  41.61 
 
 		 469 aa  310  4e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  40.21 
 
 		 473 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  36.84 
 
 		 477 aa  234  3e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  37.21 
 
 		 475 aa  220  5e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  36.52 
 
 		 472 aa  213  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.79 
 
 		 472 aa  212  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  34.35 
 
 		 468 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  35.33 
 
 		 494 aa  203  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  36.52 
 
 		 473 aa  201  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  35.33 
 
 		 466 aa  199  9e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.34 
 
 		 495 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  33.12 
 
 		 475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  34.44 
 
 		 494 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  34.44 
 
 		 494 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  36.83 
 
 		 463 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  32.64 
 
 		 475 aa  195  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  35.08 
 
 		 480 aa  194  4e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  35.52 
 
 		 495 aa  191  2e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  34 
 
 		 494 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  34.47 
 
 		 474 aa  190  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  33.54 
 
 		 482 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  33.63 
 
 		 494 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  33.63 
 
 		 494 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  33.63 
 
 		 494 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.69 
 
 		 463 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  32.92 
 
 		 473 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  34.26 
 
 		 471 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  31.62 
 
 		 470 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.78 
 
 		 485 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  37.42 
 
 		 479 aa  183  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.74 
 
 		 488 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  35.71 
 
 		 458 aa  182  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.83 
 
 		 463 aa  182  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0691  amidase  33.55 
 
 		 505 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.771388  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  33.84 
 
 		 490 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.71 
 
 		 485 aa  181  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  36.74 
 
 		 447 aa  181  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  37.12 
 
 		 467 aa  179  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.26 
 
 		 487 aa  179  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  30.56 
 
 		 470 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  33.62 
 
 		 487 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4217  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.65 
 
 		 483 aa  177  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  31.64 
 
 		 491 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3768  amidase  34.48 
 
 		 498 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30926  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  33.12 
 
 		 490 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  34.66 
 
 		 469 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  32.84 
 
 		 492 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  34.84 
 
 		 468 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  30.9 
 
 		 499 aa  172  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2615  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.92 
 
 		 482 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.31 
 
 		 482 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  32.44 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.31 
 
 		 491 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  32.57 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  34.08 
 
 		 485 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  27.97 
 
 		 486 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  31.77 
 
 		 494 aa  172  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  31.34 
 
 		 549 aa  171  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.02 
 
 		 475 aa  171  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  34.11 
 
 		 498 aa  170  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  34.26 
 
 		 471 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  31.32 
 
 		 469 aa  170  5e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  31.54 
 
 		 477 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  32.73 
 
 		 496 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.88 
 
 		 486 aa  170  6e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  32.46 
 
 		 507 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.93 
 
 		 492 aa  170  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  32.53 
 
 		 494 aa  169  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  33.48 
 
 		 468 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.47 
 
 		 491 aa  169  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  36.04 
 
 		 468 aa  169  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  31.32 
 
 		 469 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.98 
 
 		 491 aa  168  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.37 
 
 		 486 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.79 
 
 		 505 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  35.63 
 
 		 461 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>