More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1577 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1577  amidase  100 
 
 		 478 aa  977    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2081  amidase  44.35 
 
 		 524 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2400  indoleacetamide hydrolase  45.11 
 
 		 467 aa  299  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3556  amidase  43.68 
 
 		 473 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  42.09 
 
 		 471 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  41.83 
 
 		 478 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  38.92 
 
 		 499 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6072  amidase  41.68 
 
 		 471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  38.9 
 
 		 469 aa  270  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  41.11 
 
 		 466 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0894  amidase  41.02 
 
 		 464 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  39.96 
 
 		 466 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  40.94 
 
 		 470 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0413  amidase  41.56 
 
 		 466 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  39.83 
 
 		 466 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  40.17 
 
 		 466 aa  260  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  38.71 
 
 		 467 aa  257  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3471  amidase  38.88 
 
 		 465 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3449  amidase  39.14 
 
 		 467 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1896  amidase  38.88 
 
 		 465 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1407  amidase  40.72 
 
 		 473 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1619  amidase  39.16 
 
 		 485 aa  233  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.445224  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4149  amidase  38.46 
 
 		 465 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6296  amidase  38.48 
 
 		 464 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0468  amidase  41.37 
 
 		 438 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0410275  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  36.02 
 
 		 473 aa  193  7e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  32.29 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  30.9 
 
 		 477 aa  171  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  30.95 
 
 		 469 aa  169  8e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  32.09 
 
 		 473 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  30.66 
 
 		 469 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  29.44 
 
 		 474 aa  166  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0760  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.64 
 
 		 483 aa  164  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  31.65 
 
 		 472 aa  163  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  29.58 
 
 		 475 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.35 
 
 		 485 aa  158  2e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  32.2 
 
 		 469 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  34 
 
 		 470 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  32.46 
 
 		 477 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.86 
 
 		 475 aa  156  8e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1685  amidase  32.97 
 
 		 466 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.992424  normal  0.16071 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  31.93 
 
 		 477 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  34.92 
 
 		 467 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.29 
 
 		 549 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  31.65 
 
 		 482 aa  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  31.72 
 
 		 475 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.73 
 
 		 489 aa  150  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  31.55 
 
 		 495 aa  150  4e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  31.21 
 
 		 471 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  31.42 
 
 		 469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  31.63 
 
 		 469 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  29.15 
 
 		 483 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.12 
 
 		 477 aa  147  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  30.69 
 
 		 474 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  28.76 
 
 		 468 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  33.83 
 
 		 468 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  31.63 
 
 		 469 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  31.4 
 
 		 480 aa  147  6e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  27 
 
 		 479 aa  146  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.6 
 
 		 479 aa  146  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  35.01 
 
 		 469 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  33.97 
 
 		 469 aa  146  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  32.84 
 
 		 473 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  29.09 
 
 		 472 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  37.01 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  30.36 
 
 		 466 aa  145  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  28.76 
 
 		 471 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.87 
 
 		 485 aa  143  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  32.68 
 
 		 471 aa  144  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  30.45 
 
 		 447 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  32.91 
 
 		 468 aa  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  31.3 
 
 		 479 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  31.91 
 
 		 477 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  43.28 
 
 		 459 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  29.18 
 
 		 469 aa  136  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  33.04 
 
 		 461 aa  136  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  30.13 
 
 		 503 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  34.56 
 
 		 534 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  30.59 
 
 		 495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.57 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  31.28 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2535  amidase  30.82 
 
 		 501 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0740516  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  32.54 
 
 		 504 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1350  amidase  29.67 
 
 		 446 aa  134  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.149618  normal  0.0776826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2598  amidase  30.85 
 
 		 474 aa  134  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468193  normal  0.210998 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  32.98 
 
 		 473 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1679  amidase  30.78 
 
 		 500 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  31.18 
 
 		 477 aa  134  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.54 
 
 		 485 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  28.17 
 
 		 475 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.79 
 
 		 483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  30.83 
 
 		 476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  34.44 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.08 
 
 		 475 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  27.6 
 
 		 467 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0245  amidase  34.64 
 
 		 495 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  30.41 
 
 		 471 aa  131  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  31.96 
 
 		 469 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4324  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.78 
 
 		 485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000269124  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  36.21 
 
 		 494 aa  130  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>