More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3058 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  88.87 
 
 		 475 aa  805    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  100 
 
 		 467 aa  937    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  68.45 
 
 		 483 aa  637    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  42.12 
 
 		 469 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  41.25 
 
 		 469 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  41.25 
 
 		 469 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  41.39 
 
 		 471 aa  306  4.0000000000000004e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  39.78 
 
 		 469 aa  291  1e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  39.74 
 
 		 470 aa  286  5.999999999999999e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  36.62 
 
 		 471 aa  280  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  38.05 
 
 		 468 aa  277  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  40 
 
 		 504 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.92 
 
 		 473 aa  272  1e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  38.38 
 
 		 477 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  39.38 
 
 		 469 aa  252  9.000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  37.33 
 
 		 468 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  34.61 
 
 		 470 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  37.96 
 
 		 458 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  40.27 
 
 		 469 aa  246  9e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  33.97 
 
 		 470 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  35.74 
 
 		 480 aa  245  9.999999999999999e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  36.01 
 
 		 469 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  38.03 
 
 		 478 aa  243  7e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  37.42 
 
 		 466 aa  240  5e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  36.7 
 
 		 463 aa  239  6.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  36.44 
 
 		 469 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  35.53 
 
 		 468 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  38.58 
 
 		 469 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  39.08 
 
 		 471 aa  235  1.0000000000000001e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  36.65 
 
 		 495 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  35.46 
 
 		 475 aa  234  3e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  34.04 
 
 		 477 aa  232  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  37.64 
 
 		 463 aa  230  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  35.62 
 
 		 463 aa  229  7e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2205  amidase  38.9 
 
 		 484 aa  227  4e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.255234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  34.71 
 
 		 475 aa  227  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  35.14 
 
 		 491 aa  226  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  33.69 
 
 		 472 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4427  amidase  35.59 
 
 		 470 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  33.05 
 
 		 472 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  34.32 
 
 		 494 aa  217  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  36.26 
 
 		 492 aa  217  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  33.75 
 
 		 494 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  33.75 
 
 		 494 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  33.75 
 
 		 494 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  34.11 
 
 		 494 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  35.73 
 
 		 467 aa  216  9e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  35.86 
 
 		 486 aa  215  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.51 
 
 		 480 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.6 
 
 		 484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  33.54 
 
 		 499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  33.82 
 
 		 496 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  36.98 
 
 		 468 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  32.56 
 
 		 494 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  32.18 
 
 		 466 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.27 
 
 		 485 aa  210  4e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  35.81 
 
 		 477 aa  210  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  33.69 
 
 		 494 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  33.56 
 
 		 473 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  31.33 
 
 		 534 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  34.89 
 
 		 474 aa  209  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  32.99 
 
 		 494 aa  208  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  36.69 
 
 		 471 aa  206  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  32.61 
 
 		 494 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  32.83 
 
 		 491 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2332  amidase  32.68 
 
 		 542 aa  206  8e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.08 
 
 		 486 aa  205  1e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  33.48 
 
 		 475 aa  206  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  32.67 
 
 		 492 aa  206  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  30.88 
 
 		 486 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  33.33 
 
 		 482 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  34.29 
 
 		 485 aa  204  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.35 
 
 		 485 aa  204  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4294  amidase  32.76 
 
 		 466 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00407497 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  36.62 
 
 		 476 aa  203  5e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.43 
 
 		 491 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  34.5 
 
 		 487 aa  202  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1228  amidase  36.79 
 
 		 466 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  32.12 
 
 		 549 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5308  amidase  32.68 
 
 		 466 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  0.900002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  33.41 
 
 		 477 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  32.81 
 
 		 477 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  34.21 
 
 		 461 aa  200  6e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  34.26 
 
 		 498 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  33.48 
 
 		 507 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  33.48 
 
 		 461 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2281  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.05 
 
 		 501 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  33.77 
 
 		 490 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  33.41 
 
 		 490 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  34.35 
 
 		 485 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  36.32 
 
 		 461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1621  amidase  34.49 
 
 		 469 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0332  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  35.26 
 
 		 483 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4286  amidase  30.77 
 
 		 466 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508501  normal  0.0108693 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1541  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.98 
 
 		 486 aa  196  6e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.859243  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.77 
 
 		 479 aa  196  8.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.99 
 
 		 484 aa  196  9e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.08 
 
 		 491 aa  196  9e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  34.42 
 
 		 485 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  34.69 
 
 		 503 aa  196  1e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>