More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3471 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1896  amidase  89.46 
 
 		 465 aa  805    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  76.34 
 
 		 466 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3471  amidase  100 
 
 		 465 aa  926    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4149  amidase  82.76 
 
 		 465 aa  743    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6296  amidase  68.1 
 
 		 464 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0413  amidase  67.82 
 
 		 466 aa  592  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  62.28 
 
 		 467 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  62.23 
 
 		 466 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  63.16 
 
 		 466 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0894  amidase  66.45 
 
 		 464 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3449  amidase  62.5 
 
 		 467 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  63.16 
 
 		 466 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1407  amidase  63.11 
 
 		 473 aa  535  1e-151  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  53.4 
 
 		 478 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  52.87 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6072  amidase  52.03 
 
 		 471 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3556  amidase  54.06 
 
 		 473 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  40.75 
 
 		 499 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2400  indoleacetamide hydrolase  45.39 
 
 		 467 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2081  amidase  44.49 
 
 		 524 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1619  amidase  41.76 
 
 		 485 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.445224  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1577  amidase  38.88 
 
 		 478 aa  250  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  40.12 
 
 		 470 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  37.08 
 
 		 469 aa  236  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0468  amidase  44.06 
 
 		 438 aa  236  9e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0410275  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  34.57 
 
 		 477 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  36.31 
 
 		 473 aa  193  6e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.42 
 
 		 472 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  35.28 
 
 		 475 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.43 
 
 		 495 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  37.45 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  33.33 
 
 		 474 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  33.12 
 
 		 475 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.93 
 
 		 486 aa  172  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.13 
 
 		 486 aa  171  3e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  33.77 
 
 		 472 aa  171  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.34 
 
 		 486 aa  168  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  33.19 
 
 		 485 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.81 
 
 		 485 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.93 
 
 		 485 aa  167  5e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  34.91 
 
 		 466 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  33.54 
 
 		 458 aa  165  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  32.05 
 
 		 496 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.4 
 
 		 489 aa  163  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  41.98 
 
 		 494 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  41.98 
 
 		 494 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  33.48 
 
 		 471 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.57 
 
 		 491 aa  160  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  32.77 
 
 		 494 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  30.3 
 
 		 468 aa  159  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  40.91 
 
 		 494 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  32.42 
 
 		 494 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  32.42 
 
 		 494 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  32.42 
 
 		 494 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  33.05 
 
 		 469 aa  157  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  35.47 
 
 		 477 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  31.01 
 
 		 494 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.72 
 
 		 475 aa  153  5e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  35.68 
 
 		 463 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.07 
 
 		 485 aa  152  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  29.86 
 
 		 469 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.94 
 
 		 492 aa  150  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  32.58 
 
 		 480 aa  150  6e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.45 
 
 		 486 aa  150  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0638  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.38 
 
 		 494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  42.15 
 
 		 447 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.38 
 
 		 505 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  34.56 
 
 		 479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  29.45 
 
 		 469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.14 
 
 		 549 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  33.97 
 
 		 481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  32.29 
 
 		 463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  33.47 
 
 		 482 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  30.72 
 
 		 475 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  33.19 
 
 		 469 aa  147  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  33.69 
 
 		 471 aa  147  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  29.41 
 
 		 464 aa  147  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.98 
 
 		 486 aa  146  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  31.89 
 
 		 487 aa  146  7.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.84 
 
 		 463 aa  146  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  30.67 
 
 		 466 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.24 
 
 		 491 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  42.02 
 
 		 461 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  29.71 
 
 		 471 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.81 
 
 		 488 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1350  amidase  27.43 
 
 		 446 aa  144  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.149618  normal  0.0776826 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  32.35 
 
 		 505 aa  144  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  32.14 
 
 		 490 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  33.05 
 
 		 470 aa  143  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  29.5 
 
 		 470 aa  143  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.4 
 
 		 463 aa  143  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.87 
 
 		 480 aa  143  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  32.07 
 
 		 461 aa  143  6e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  31.72 
 
 		 487 aa  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.14 
 
 		 475 aa  143  7e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  32.21 
 
 		 473 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  32.14 
 
 		 490 aa  143  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  29.5 
 
 		 470 aa  142  9e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  32.24 
 
 		 498 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  30.57 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>