More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1671 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3629  amidase  80.25 
 
 		 477 aa  726    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  100 
 
 		 482 aa  973    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  80.89 
 
 		 477 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  79.41 
 
 		 477 aa  742    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  78.09 
 
 		 473 aa  732    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  54.07 
 
 		 471 aa  448  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  45.7 
 
 		 472 aa  352  7e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  44.35 
 
 		 475 aa  347  4e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  44.44 
 
 		 466 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  42.86 
 
 		 477 aa  333  3e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  46.58 
 
 		 463 aa  333  5e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  42.58 
 
 		 472 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  43.2 
 
 		 492 aa  296  7e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  43.91 
 
 		 498 aa  294  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  40.13 
 
 		 507 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  40.68 
 
 		 507 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  43.2 
 
 		 473 aa  291  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  40.17 
 
 		 487 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  43.23 
 
 		 472 aa  286  7e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  40.13 
 
 		 479 aa  283  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  37.34 
 
 		 491 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  38.99 
 
 		 509 aa  279  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  36.97 
 
 		 494 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  35.91 
 
 		 494 aa  276  7e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  36.46 
 
 		 494 aa  275  9e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  41.01 
 
 		 490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  40.57 
 
 		 490 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  43.59 
 
 		 468 aa  272  9e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  36.76 
 
 		 494 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  41.03 
 
 		 498 aa  269  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  36.02 
 
 		 494 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  36.02 
 
 		 494 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  36.02 
 
 		 494 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  39.34 
 
 		 508 aa  266  8e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  35.36 
 
 		 494 aa  264  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  39 
 
 		 516 aa  259  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  38.78 
 
 		 516 aa  258  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  40.22 
 
 		 507 aa  257  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  37.29 
 
 		 522 aa  256  4e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  37.15 
 
 		 495 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  36.29 
 
 		 507 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  36 
 
 		 556 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  37.1 
 
 		 535 aa  246  9e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  38.2 
 
 		 496 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  38.97 
 
 		 463 aa  243  3.9999999999999997e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  36.81 
 
 		 494 aa  242  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  36.4 
 
 		 485 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.74 
 
 		 473 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  36.5 
 
 		 505 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  41.62 
 
 		 481 aa  237  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  35.99 
 
 		 521 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  37.99 
 
 		 506 aa  236  9e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  36.42 
 
 		 485 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  35.62 
 
 		 485 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  38.38 
 
 		 485 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  35.7 
 
 		 480 aa  230  4e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  36.06 
 
 		 469 aa  230  4e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  36.59 
 
 		 497 aa  229  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  35.59 
 
 		 497 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  35.59 
 
 		 546 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  35.59 
 
 		 484 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  36.07 
 
 		 485 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  35.59 
 
 		 484 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  35.59 
 
 		 484 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  35.59 
 
 		 484 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  35.38 
 
 		 484 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  33.55 
 
 		 472 aa  223  4.9999999999999996e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  37.18 
 
 		 463 aa  222  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  37.56 
 
 		 459 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  37.88 
 
 		 485 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  38.07 
 
 		 480 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  35.76 
 
 		 481 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  38.39 
 
 		 504 aa  207  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  32.82 
 
 		 483 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  37.2 
 
 		 480 aa  206  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  34.09 
 
 		 495 aa  204  2e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  35.04 
 
 		 463 aa  203  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  35.13 
 
 		 494 aa  203  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  35.48 
 
 		 469 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  31.2 
 
 		 475 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  34.73 
 
 		 471 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  33.48 
 
 		 471 aa  200  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  34.37 
 
 		 469 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  35.84 
 
 		 486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  35.53 
 
 		 495 aa  196  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  32.96 
 
 		 475 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  34.15 
 
 		 469 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  35.49 
 
 		 487 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.19 
 
 		 485 aa  194  4e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  33.33 
 
 		 467 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  34.97 
 
 		 470 aa  193  7e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  36.24 
 
 		 469 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  35.45 
 
 		 461 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  31.08 
 
 		 470 aa  186  9e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.26 
 
 		 485 aa  184  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  34.74 
 
 		 471 aa  184  4.0000000000000006e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6767  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  35.12 
 
 		 501 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  32.92 
 
 		 499 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  33.4 
 
 		 469 aa  183  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  34.55 
 
 		 458 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>