More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4787 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4073  amidase  73.29 
 
 		 556 aa  699    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  100 
 
 		 505 aa  1035    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  60.32 
 
 		 494 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  61.32 
 
 		 494 aa  608  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  60.32 
 
 		 494 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  60.92 
 
 		 494 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  60.92 
 
 		 494 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  60.92 
 
 		 494 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  60.92 
 
 		 494 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  61.71 
 
 		 497 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  62.12 
 
 		 546 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  63.09 
 
 		 484 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  62.89 
 
 		 484 aa  585  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  63.35 
 
 		 497 aa  586  1e-166  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  62.89 
 
 		 484 aa  585  1e-166  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  62.89 
 
 		 484 aa  585  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  62.68 
 
 		 484 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  57.64 
 
 		 494 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  57.02 
 
 		 496 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  55.51 
 
 		 485 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  56.49 
 
 		 485 aa  532  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  55.58 
 
 		 485 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  54.85 
 
 		 485 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  54.68 
 
 		 485 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  53.5 
 
 		 491 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  53.52 
 
 		 494 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  54.07 
 
 		 485 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  52.99 
 
 		 521 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  52.48 
 
 		 481 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  50.21 
 
 		 494 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  50.21 
 
 		 486 aa  425  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  51.66 
 
 		 480 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  48.46 
 
 		 481 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  47.91 
 
 		 495 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  44.91 
 
 		 472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  50.77 
 
 		 480 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  43.74 
 
 		 477 aa  365  1e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  45.47 
 
 		 463 aa  365  2e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  44.58 
 
 		 475 aa  363  3e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  46.82 
 
 		 459 aa  360  4e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  43.88 
 
 		 472 aa  360  5e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  43.64 
 
 		 472 aa  350  5e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  44.61 
 
 		 463 aa  322  7e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  41.53 
 
 		 479 aa  309  5.9999999999999995e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  42.37 
 
 		 466 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  41.03 
 
 		 490 aa  297  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  40.62 
 
 		 490 aa  293  6e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  43.19 
 
 		 468 aa  283  5.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  39.87 
 
 		 472 aa  278  2e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  39.25 
 
 		 473 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  39.01 
 
 		 487 aa  273  6e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  37.1 
 
 		 477 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  38.38 
 
 		 477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  38.4 
 
 		 509 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  35.88 
 
 		 495 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  37.8 
 
 		 473 aa  249  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.2 
 
 		 473 aa  248  1e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  37.31 
 
 		 477 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  36.44 
 
 		 482 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  38.51 
 
 		 492 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  36.65 
 
 		 495 aa  242  9e-63  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  36.02 
 
 		 480 aa  242  1e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  38.45 
 
 		 516 aa  237  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  38.66 
 
 		 516 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  36.32 
 
 		 507 aa  236  9e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  35.81 
 
 		 507 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  37.26 
 
 		 522 aa  233  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  38.17 
 
 		 498 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  38.11 
 
 		 498 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  35.88 
 
 		 471 aa  226  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  38.05 
 
 		 507 aa  220  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  37.01 
 
 		 507 aa  220  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  36.1 
 
 		 508 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  35.68 
 
 		 506 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  31.86 
 
 		 475 aa  212  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.36 
 
 		 485 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  36.62 
 
 		 535 aa  198  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  34.02 
 
 		 469 aa  197  3e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  33.06 
 
 		 499 aa  197  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  32.99 
 
 		 463 aa  196  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  33.68 
 
 		 458 aa  192  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.86 
 
 		 486 aa  189  1e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  33.26 
 
 		 492 aa  189  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.14 
 
 		 485 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.86 
 
 		 486 aa  188  2e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  32.37 
 
 		 463 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.6 
 
 		 485 aa  187  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.19 
 
 		 483 aa  187  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  38.21 
 
 		 469 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.19 
 
 		 483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.46 
 
 		 486 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33 
 
 		 482 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.35 
 
 		 488 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  31.41 
 
 		 483 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5442  amidase  32.64 
 
 		 493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3929  amidase  32.41 
 
 		 471 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3985  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.29 
 
 		 489 aa  182  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.825512  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.58 
 
 		 486 aa  181  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.73 
 
 		 494 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  32.98 
 
 		 467 aa  179  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>