More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1411 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  98.37 
 
 		 494 aa  983    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  100 
 
 		 491 aa  1001    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  59.87 
 
 		 496 aa  548  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  59.23 
 
 		 494 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  56.99 
 
 		 485 aa  510  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  56.99 
 
 		 485 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  54.41 
 
 		 485 aa  504  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  56.13 
 
 		 485 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  55.6 
 
 		 494 aa  491  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  55.7 
 
 		 485 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  52.63 
 
 		 494 aa  479  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  53.66 
 
 		 494 aa  478  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  52.63 
 
 		 494 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  52.84 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  52.84 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  52.84 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  53.45 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  51.86 
 
 		 486 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  53.1 
 
 		 521 aa  458  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  52.67 
 
 		 497 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  52.67 
 
 		 546 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  51.82 
 
 		 495 aa  458  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  53.35 
 
 		 484 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  53.5 
 
 		 505 aa  457  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  53.13 
 
 		 484 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  52.42 
 
 		 484 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  53.13 
 
 		 484 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  53.13 
 
 		 484 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  52.98 
 
 		 497 aa  448  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  53.26 
 
 		 485 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  50.43 
 
 		 556 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  50 
 
 		 480 aa  414  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  48.61 
 
 		 481 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  50.21 
 
 		 481 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  44.65 
 
 		 463 aa  365  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  49.12 
 
 		 480 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  44.26 
 
 		 477 aa  359  5e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  45.68 
 
 		 472 aa  355  1e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  41.07 
 
 		 472 aa  347  4e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  44.06 
 
 		 475 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  46.68 
 
 		 459 aa  340  4e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  40.65 
 
 		 472 aa  329  8e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  43.41 
 
 		 466 aa  317  3e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  43.23 
 
 		 463 aa  308  2.0000000000000002e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  40.77 
 
 		 479 aa  287  2.9999999999999996e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  39.01 
 
 		 490 aa  282  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  38.21 
 
 		 487 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  42.68 
 
 		 468 aa  276  5e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  38.81 
 
 		 490 aa  276  8e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  40.72 
 
 		 473 aa  274  3e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  37.37 
 
 		 477 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  39.12 
 
 		 473 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  41.63 
 
 		 472 aa  268  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  37.34 
 
 		 482 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  37.61 
 
 		 477 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  38.38 
 
 		 477 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  40.97 
 
 		 498 aa  243  6e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  37.02 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  37.21 
 
 		 473 aa  240  5e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  36.62 
 
 		 507 aa  239  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  37.04 
 
 		 507 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  37.88 
 
 		 471 aa  236  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  37.76 
 
 		 492 aa  234  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  36.08 
 
 		 507 aa  217  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  37.18 
 
 		 508 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  34.56 
 
 		 480 aa  216  8e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  35.56 
 
 		 522 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  36.03 
 
 		 516 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  35.59 
 
 		 498 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  35.82 
 
 		 516 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  34.61 
 
 		 507 aa  214  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.18 
 
 		 495 aa  206  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  36.08 
 
 		 535 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  33.89 
 
 		 506 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.89 
 
 		 485 aa  194  3e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  34.9 
 
 		 458 aa  191  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  34.85 
 
 		 495 aa  190  4e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  32.25 
 
 		 467 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  31.97 
 
 		 499 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  33.55 
 
 		 469 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  35.31 
 
 		 463 aa  183  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  34.03 
 
 		 469 aa  183  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.28 
 
 		 485 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  29.72 
 
 		 475 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  31.11 
 
 		 475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  32.35 
 
 		 468 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  33.61 
 
 		 469 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  32.47 
 
 		 471 aa  178  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  33.47 
 
 		 469 aa  177  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.1 
 
 		 483 aa  177  5e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.21 
 
 		 486 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.34 
 
 		 484 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  32.08 
 
 		 492 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.01 
 
 		 486 aa  174  5e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  33.95 
 
 		 467 aa  173  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.6 
 
 		 486 aa  172  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  30.3 
 
 		 475 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  40.75 
 
 		 469 aa  171  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.05 
 
 		 463 aa  171  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  27.29 
 
 		 479 aa  171  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>