More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5054 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5054  amidase  100 
 
 		 458 aa  904    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  43.79 
 
 		 492 aa  315  8e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  43.36 
 
 		 475 aa  305  8.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  42.48 
 
 		 473 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  37.32 
 
 		 480 aa  262  8e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  39.82 
 
 		 472 aa  260  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  40.56 
 
 		 466 aa  257  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  38.14 
 
 		 477 aa  256  5e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  41.48 
 
 		 471 aa  253  5.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  40.65 
 
 		 469 aa  250  5e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  37.55 
 
 		 467 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  39.11 
 
 		 495 aa  239  5.999999999999999e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  38.31 
 
 		 475 aa  238  2e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1621  amidase  44.3 
 
 		 469 aa  237  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  40.13 
 
 		 468 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  40.04 
 
 		 470 aa  236  7e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  35.1 
 
 		 470 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  35.79 
 
 		 468 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  39.35 
 
 		 461 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  39.91 
 
 		 498 aa  232  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  36.48 
 
 		 475 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  36.48 
 
 		 475 aa  232  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  42.22 
 
 		 469 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  37.22 
 
 		 507 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  39.17 
 
 		 463 aa  231  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  38.89 
 
 		 498 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  42.27 
 
 		 504 aa  229  6e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  40.26 
 
 		 469 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  39.06 
 
 		 521 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  40.26 
 
 		 469 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  38.76 
 
 		 492 aa  227  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  39.61 
 
 		 468 aa  227  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  35.86 
 
 		 472 aa  227  4e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  38.97 
 
 		 468 aa  226  6e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  36.48 
 
 		 507 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  37.47 
 
 		 503 aa  225  2e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  43.88 
 
 		 469 aa  224  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  39 
 
 		 478 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  37.28 
 
 		 471 aa  224  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  40.56 
 
 		 471 aa  222  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  36.99 
 
 		 494 aa  220  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  38.07 
 
 		 486 aa  219  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  36.36 
 
 		 483 aa  219  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  39.17 
 
 		 469 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  38.96 
 
 		 473 aa  218  2e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  37.83 
 
 		 509 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  33.48 
 
 		 470 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  36.77 
 
 		 494 aa  216  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  36.56 
 
 		 494 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  35.81 
 
 		 494 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  35.67 
 
 		 499 aa  212  9e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  37.67 
 
 		 516 aa  212  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  37.44 
 
 		 516 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  36.13 
 
 		 494 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  36.13 
 
 		 494 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  36.13 
 
 		 494 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  40.22 
 
 		 469 aa  211  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  37.69 
 
 		 507 aa  211  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  40.31 
 
 		 469 aa  211  3e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  39.16 
 
 		 467 aa  210  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.69 
 
 		 495 aa  209  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  33.04 
 
 		 472 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  37.47 
 
 		 522 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  37.45 
 
 		 474 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  41.1 
 
 		 472 aa  207  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  34.88 
 
 		 485 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  37.69 
 
 		 469 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  40 
 
 		 469 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  35.45 
 
 		 549 aa  207  4e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  35.84 
 
 		 494 aa  206  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  35.45 
 
 		 485 aa  205  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  35.94 
 
 		 487 aa  204  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  38.89 
 
 		 473 aa  204  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  35.6 
 
 		 496 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  36.91 
 
 		 463 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  38.84 
 
 		 471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  37.37 
 
 		 471 aa  200  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  37.74 
 
 		 507 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  36.54 
 
 		 490 aa  200  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  36.97 
 
 		 535 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  34.26 
 
 		 491 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  35.02 
 
 		 490 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  37.87 
 
 		 491 aa  197  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  35.39 
 
 		 484 aa  196  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  38.11 
 
 		 477 aa  196  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  35.18 
 
 		 484 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  35.18 
 
 		 497 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  35.18 
 
 		 484 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  35.18 
 
 		 484 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  35.18 
 
 		 484 aa  195  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  33.83 
 
 		 494 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  33.9 
 
 		 485 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1360  amidase  38.37 
 
 		 466 aa  194  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267228  hitchhiker  0.0000102639 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  35.18 
 
 		 546 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1293  amidase  34.48 
 
 		 461 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.66959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  38 
 
 		 481 aa  194  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  34.8 
 
 		 479 aa  192  8e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  36.88 
 
 		 497 aa  192  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  37.86 
 
 		 476 aa  191  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  35.98 
 
 		 508 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>