More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3929 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3929  amidase  100 
 
 		 471 aa  951    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2125  amidase  81.95 
 
 		 471 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3296  amidase  79.62 
 
 		 471 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297102  normal  0.0238145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5261  amidase  66.23 
 
 		 473 aa  571  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503893  normal  0.344204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4805  amidase  57.92 
 
 		 464 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.345953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1293  amidase  60.18 
 
 		 461 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.66959  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4356  amidase  59.74 
 
 		 472 aa  502  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0637971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55200  amidase  59 
 
 		 464 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772002  hitchhiker  0.00000000118324 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4488  amidase  58.86 
 
 		 463 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5648  amidase  56.93 
 
 		 464 aa  490  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0886  amidase  59.7 
 
 		 467 aa  481  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0815  amidase  59.48 
 
 		 467 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5442  amidase  55.72 
 
 		 493 aa  472  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1257  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.61145  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1265  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1403  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0140  amidase  55.51 
 
 		 468 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1098  amidase  53.56 
 
 		 464 aa  450  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1864  amidase  53.56 
 
 		 464 aa  450  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1032  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  451  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1643  amidase  57.42 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0396025  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0454  amidase  56.35 
 
 		 471 aa  432  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329272  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0381  amidase  53.35 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.563141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0768  amidase  53.35 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1969  amidase  51.3 
 
 		 470 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  39.57 
 
 		 477 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  38.7 
 
 		 469 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  37.86 
 
 		 469 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  37.86 
 
 		 469 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  39.7 
 
 		 468 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  38.73 
 
 		 467 aa  240  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  39.57 
 
 		 469 aa  239  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  41.68 
 
 		 469 aa  239  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  36.99 
 
 		 474 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  36.01 
 
 		 469 aa  230  5e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  36.01 
 
 		 470 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  37.8 
 
 		 474 aa  223  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  34.07 
 
 		 471 aa  219  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  36.29 
 
 		 471 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  31.15 
 
 		 468 aa  209  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  35.35 
 
 		 471 aa  207  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  32.91 
 
 		 477 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  36.46 
 
 		 504 aa  204  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  36.03 
 
 		 478 aa  203  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  32.73 
 
 		 472 aa  201  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.25 
 
 		 485 aa  200  5e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  32.69 
 
 		 472 aa  199  9e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  38.46 
 
 		 469 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  33.9 
 
 		 496 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  35.51 
 
 		 471 aa  196  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  34.48 
 
 		 486 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  34.87 
 
 		 473 aa  190  4e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  33.76 
 
 		 494 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  33.55 
 
 		 475 aa  189  7e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  35.56 
 
 		 491 aa  189  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  33.99 
 
 		 463 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  33.69 
 
 		 475 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  31.65 
 
 		 475 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  31.61 
 
 		 494 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  34.33 
 
 		 471 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  33.98 
 
 		 458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  32.2 
 
 		 556 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  34.42 
 
 		 469 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  34.43 
 
 		 468 aa  183  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  32.24 
 
 		 490 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.46 
 
 		 475 aa  181  2e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  35.5 
 
 		 469 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  32.43 
 
 		 475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  31.49 
 
 		 487 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  32.19 
 
 		 494 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.89 
 
 		 491 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  32.41 
 
 		 505 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  32.84 
 
 		 490 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  31.97 
 
 		 494 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  32.13 
 
 		 480 aa  177  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  32.97 
 
 		 485 aa  177  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  33.55 
 
 		 473 aa  177  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  33.76 
 
 		 481 aa  176  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  32.26 
 
 		 466 aa  176  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  31.84 
 
 		 484 aa  176  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  35.36 
 
 		 471 aa  176  9e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  31.84 
 
 		 497 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  31.84 
 
 		 484 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  31.84 
 
 		 484 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  32.72 
 
 		 495 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  31.84 
 
 		 484 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.45 
 
 		 491 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  31.84 
 
 		 546 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2842  amidase  32.68 
 
 		 477 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  31.28 
 
 		 494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  31.28 
 
 		 494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  31.28 
 
 		 494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  32.82 
 
 		 479 aa  174  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  31.62 
 
 		 484 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  32.23 
 
 		 499 aa  173  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3170  amidase  32.47 
 
 		 490 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.43381 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  32.75 
 
 		 485 aa  172  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  32.54 
 
 		 497 aa  172  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.61 
 
 		 485 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  31.14 
 
 		 461 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>