More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3296 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3929  amidase  79.62 
 
 		 471 aa  728    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2125  amidase  81.95 
 
 		 471 aa  771    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3296  amidase  100 
 
 		 471 aa  951    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297102  normal  0.0238145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5261  amidase  67.1 
 
 		 473 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503893  normal  0.344204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4805  amidase  57.27 
 
 		 464 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.345953  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5648  amidase  59.31 
 
 		 464 aa  518  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4488  amidase  59.21 
 
 		 463 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1293  amidase  57.46 
 
 		 461 aa  502  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.66959  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55200  amidase  58.13 
 
 		 464 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772002  hitchhiker  0.00000000118324 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4356  amidase  58.23 
 
 		 472 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0637971  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0815  amidase  59.48 
 
 		 467 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0886  amidase  59.7 
 
 		 467 aa  481  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5442  amidase  53.9 
 
 		 493 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1403  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1265  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1257  amidase  53.78 
 
 		 464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.61145  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1864  amidase  53.56 
 
 		 464 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0140  amidase  55.29 
 
 		 468 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1032  amidase  53.35 
 
 		 464 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1098  amidase  53.56 
 
 		 464 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1643  amidase  55.24 
 
 		 463 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0396025  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0381  amidase  53.35 
 
 		 464 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.563141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0768  amidase  53.35 
 
 		 464 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0454  amidase  53.9 
 
 		 471 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329272  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1969  amidase  52.51 
 
 		 470 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  38.29 
 
 		 469 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  38.51 
 
 		 469 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  38.07 
 
 		 469 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  40.76 
 
 		 469 aa  258  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  37.08 
 
 		 474 aa  243  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  37.5 
 
 		 468 aa  239  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  35.65 
 
 		 469 aa  237  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  38.34 
 
 		 467 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  37.92 
 
 		 477 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  40.27 
 
 		 469 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  35.43 
 
 		 474 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  32.7 
 
 		 477 aa  213  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  37.07 
 
 		 504 aa  212  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  31.72 
 
 		 471 aa  209  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  33.05 
 
 		 472 aa  207  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  34.79 
 
 		 470 aa  207  5e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.02 
 
 		 472 aa  205  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  31.68 
 
 		 468 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  33.96 
 
 		 486 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.17 
 
 		 485 aa  194  2e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  37.12 
 
 		 469 aa  195  2e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  33.91 
 
 		 471 aa  193  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  34.22 
 
 		 471 aa  192  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  34.19 
 
 		 471 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  33.97 
 
 		 473 aa  187  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  34.24 
 
 		 473 aa  184  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  34.54 
 
 		 463 aa  184  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  32.99 
 
 		 495 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  32.37 
 
 		 499 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.66 
 
 		 491 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  33.68 
 
 		 490 aa  183  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3170  amidase  33.33 
 
 		 490 aa  183  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.43381 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  33.99 
 
 		 471 aa  182  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  32.47 
 
 		 475 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  34.33 
 
 		 491 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3526  amidase  33.33 
 
 		 490 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2842  amidase  32.69 
 
 		 477 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779137 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.94 
 
 		 475 aa  180  5.999999999999999e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.9 
 
 		 479 aa  179  8e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  31.26 
 
 		 475 aa  179  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  32.49 
 
 		 475 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  33.48 
 
 		 478 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.27 
 
 		 486 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  31.32 
 
 		 471 aa  173  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  32.64 
 
 		 490 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1458  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.98 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  31.06 
 
 		 487 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02330  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.25 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.313614  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.11 
 
 		 492 aa  171  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  33.19 
 
 		 481 aa  172  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.31 
 
 		 482 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  31.91 
 
 		 466 aa  171  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  32.34 
 
 		 494 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  28.28 
 
 		 491 aa  170  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  32.22 
 
 		 473 aa  169  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  30.62 
 
 		 483 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2154  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.36 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.47 
 
 		 482 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  30.7 
 
 		 461 aa  168  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  30.95 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1453  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30 
 
 		 477 aa  167  4e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.67645  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0682  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  30.67 
 
 		 485 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1228  amidase  32.62 
 
 		 466 aa  167  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  36.28 
 
 		 477 aa  167  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.73 
 
 		 491 aa  167  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  32.1 
 
 		 469 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.76 
 
 		 495 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09121  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.97 
 
 		 482 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.159101  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.42 
 
 		 475 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.63 
 
 		 483 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2360  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.91 
 
 		 487 aa  166  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.100992  normal  0.201159 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  31.73 
 
 		 494 aa  166  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.79 
 
 		 491 aa  166  9e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  32.05 
 
 		 475 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0287  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.45 
 
 		 486 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000251975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>