More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0659 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0613  putative amidase  96.16 
 
 		 469 aa  889    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  100 
 
 		 469 aa  957    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  96.38 
 
 		 469 aa  892    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  55.36 
 
 		 468 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  52.9 
 
 		 471 aa  466  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  50.77 
 
 		 469 aa  437  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  51.31 
 
 		 470 aa  428  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  53.58 
 
 		 504 aa  427  1e-118  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  51.66 
 
 		 477 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  48.64 
 
 		 471 aa  398  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  49 
 
 		 471 aa  390  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  49.04 
 
 		 478 aa  382  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  50 
 
 		 469 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  50.11 
 
 		 468 aa  378  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  52.12 
 
 		 469 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  47.36 
 
 		 469 aa  330  5.0000000000000004e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  44.42 
 
 		 491 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  41.06 
 
 		 483 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  41.68 
 
 		 475 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  43.4 
 
 		 474 aa  310  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  42.12 
 
 		 467 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  40.22 
 
 		 468 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  42.64 
 
 		 469 aa  306  6e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  43.94 
 
 		 469 aa  298  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  42.92 
 
 		 467 aa  298  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  44.01 
 
 		 471 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  42.16 
 
 		 475 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  43.17 
 
 		 474 aa  289  8e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  41.89 
 
 		 471 aa  286  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  42.32 
 
 		 471 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  43.42 
 
 		 473 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2125  amidase  39.7 
 
 		 471 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  37.91 
 
 		 486 aa  268  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3296  amidase  38.29 
 
 		 471 aa  263  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297102  normal  0.0238145 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5648  amidase  38.86 
 
 		 464 aa  260  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1969  amidase  41.79 
 
 		 470 aa  259  7e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3929  amidase  38.83 
 
 		 471 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  37.28 
 
 		 477 aa  255  9e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  36.83 
 
 		 472 aa  252  1e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5442  amidase  39.06 
 
 		 493 aa  251  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  38.13 
 
 		 475 aa  246  4e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  37.28 
 
 		 472 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  40.22 
 
 		 463 aa  243  5e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4805  amidase  37.2 
 
 		 464 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.345953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1293  amidase  34.27 
 
 		 461 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.66959  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4488  amidase  36.34 
 
 		 463 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1257  amidase  38.08 
 
 		 464 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.61145  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5261  amidase  38.02 
 
 		 473 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503893  normal  0.344204 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1265  amidase  38.08 
 
 		 464 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1403  amidase  38.08 
 
 		 464 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4356  amidase  37.88 
 
 		 472 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0637971  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  37.58 
 
 		 480 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  38.48 
 
 		 458 aa  233  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1098  amidase  37.64 
 
 		 464 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1864  amidase  37.64 
 
 		 464 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0454  amidase  41.3 
 
 		 471 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329272  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0815  amidase  37.55 
 
 		 467 aa  230  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  37.09 
 
 		 473 aa  229  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  36.21 
 
 		 499 aa  228  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0886  amidase  37.34 
 
 		 467 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55200  amidase  37.2 
 
 		 464 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772002  hitchhiker  0.00000000118324 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1032  amidase  36.75 
 
 		 464 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  34.05 
 
 		 470 aa  226  8e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  33.97 
 
 		 470 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  37.33 
 
 		 479 aa  224  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  37.09 
 
 		 495 aa  223  7e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  36.76 
 
 		 466 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  37.87 
 
 		 492 aa  219  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0768  amidase  37.42 
 
 		 464 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0381  amidase  37.42 
 
 		 464 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.563141  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3170  amidase  35.06 
 
 		 490 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.43381 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  36.74 
 
 		 490 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  34.11 
 
 		 487 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3526  amidase  35.06 
 
 		 490 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2842  amidase  35.14 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779137 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  36.09 
 
 		 490 aa  217  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  34.63 
 
 		 507 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1643  amidase  40.48 
 
 		 463 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0396025  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  35.7 
 
 		 507 aa  216  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2205  amidase  38.44 
 
 		 484 aa  215  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.255234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  37.44 
 
 		 535 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  34.47 
 
 		 475 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  36.18 
 
 		 477 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  35.48 
 
 		 482 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  35.67 
 
 		 509 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  41.45 
 
 		 472 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0140  amidase  35.6 
 
 		 468 aa  212  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  35.99 
 
 		 485 aa  209  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  35.32 
 
 		 477 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.16 
 
 		 485 aa  207  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  35.46 
 
 		 494 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  33.83 
 
 		 494 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  33.89 
 
 		 491 aa  206  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  35.76 
 
 		 494 aa  206  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  35.36 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  34.27 
 
 		 494 aa  205  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  36.28 
 
 		 485 aa  204  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  34.19 
 
 		 471 aa  204  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  35.03 
 
 		 494 aa  203  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  36.67 
 
 		 498 aa  202  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>