More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4356 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4356  amidase  100 
 
 		 472 aa  953    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0637971  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0140  amidase  72.96 
 
 		 468 aa  603  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0886  amidase  73.71 
 
 		 467 aa  591  1e-168  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0815  amidase  73.49 
 
 		 467 aa  591  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5442  amidase  66.52 
 
 		 493 aa  576  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1293  amidase  62.99 
 
 		 461 aa  556  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.66959  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3929  amidase  59.1 
 
 		 471 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2125  amidase  57.05 
 
 		 471 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3296  amidase  57.48 
 
 		 471 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297102  normal  0.0238145 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5648  amidase  57.97 
 
 		 464 aa  484  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1643  amidase  61.42 
 
 		 463 aa  482  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0396025  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0454  amidase  62.2 
 
 		 471 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329272  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5261  amidase  58.28 
 
 		 473 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503893  normal  0.344204 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4488  amidase  56.62 
 
 		 463 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4805  amidase  53.02 
 
 		 464 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.345953  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1969  amidase  55.08 
 
 		 470 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55200  amidase  52.16 
 
 		 464 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772002  hitchhiker  0.00000000118324 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1257  amidase  52.47 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.61145  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1265  amidase  52.47 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1864  amidase  52.26 
 
 		 464 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1098  amidase  52.26 
 
 		 464 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1403  amidase  52.26 
 
 		 464 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1032  amidase  51.4 
 
 		 464 aa  411  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0768  amidase  52.04 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0381  amidase  52.04 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.563141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  40.69 
 
 		 477 aa  266  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  38.03 
 
 		 469 aa  256  8e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  38.06 
 
 		 469 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  39.09 
 
 		 469 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  38.88 
 
 		 469 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  38.83 
 
 		 474 aa  249  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  39.04 
 
 		 467 aa  248  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  40.79 
 
 		 469 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  37.77 
 
 		 468 aa  239  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  37.03 
 
 		 471 aa  232  9e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  40.94 
 
 		 504 aa  229  7e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  38.63 
 
 		 474 aa  229  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  41.35 
 
 		 469 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  35.56 
 
 		 471 aa  225  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  32.42 
 
 		 468 aa  220  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  36.44 
 
 		 491 aa  215  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  37.72 
 
 		 478 aa  212  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  35.36 
 
 		 470 aa  209  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  33.97 
 
 		 477 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.09 
 
 		 485 aa  204  3e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  34.85 
 
 		 473 aa  203  6e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.28 
 
 		 472 aa  202  8e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  36.8 
 
 		 471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  35.07 
 
 		 486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  36.21 
 
 		 467 aa  195  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  34.18 
 
 		 471 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  37.34 
 
 		 475 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  35.38 
 
 		 469 aa  190  5.999999999999999e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  34.83 
 
 		 471 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  33.33 
 
 		 472 aa  188  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  32.97 
 
 		 496 aa  187  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.18 
 
 		 486 aa  186  8e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  33.13 
 
 		 475 aa  186  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  31.33 
 
 		 494 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  31.91 
 
 		 494 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.46 
 
 		 486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  30.98 
 
 		 475 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.37 
 
 		 486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  33.68 
 
 		 487 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  34.65 
 
 		 458 aa  183  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  31.4 
 
 		 490 aa  183  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  32.49 
 
 		 475 aa  182  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.73 
 
 		 486 aa  182  1e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  30.69 
 
 		 494 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  32.7 
 
 		 475 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.33 
 
 		 487 aa  181  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  30.56 
 
 		 494 aa  180  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  33.12 
 
 		 469 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0292  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.11 
 
 		 499 aa  180  5.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  33.33 
 
 		 483 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  30.32 
 
 		 494 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  30.32 
 
 		 494 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  30.32 
 
 		 494 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.56 
 
 		 475 aa  179  9e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.16 
 
 		 486 aa  179  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  32.41 
 
 		 490 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  33.76 
 
 		 469 aa  178  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.95 
 
 		 485 aa  178  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.04 
 
 		 463 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  32.41 
 
 		 471 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4434  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  30.39 
 
 		 486 aa  177  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.689377  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  33.05 
 
 		 495 aa  177  4e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1033  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.14 
 
 		 492 aa  177  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.9 
 
 		 491 aa  177  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.04 
 
 		 488 aa  177  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  32.07 
 
 		 468 aa  176  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.75 
 
 		 475 aa  176  6e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.21 
 
 		 484 aa  176  6e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.45 
 
 		 484 aa  176  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06981  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.65 
 
 		 487 aa  176  7e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.629931  normal  0.214805 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.3 
 
 		 482 aa  176  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3747  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.49 
 
 		 486 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.814256  normal  0.927124 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  31.72 
 
 		 461 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.25 
 
 		 491 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  32.02 
 
 		 494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>