More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1838 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  88.05 
 
 		 477 aa  838    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  78.25 
 
 		 473 aa  749    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  89.94 
 
 		 477 aa  833    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  80.89 
 
 		 482 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  100 
 
 		 477 aa  964    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  54.45 
 
 		 471 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  45.39 
 
 		 472 aa  368  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  44.54 
 
 		 475 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  43.23 
 
 		 477 aa  360  3e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  43.45 
 
 		 472 aa  356  5.999999999999999e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  44.78 
 
 		 466 aa  347  3e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  46.29 
 
 		 463 aa  338  1.9999999999999998e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  41.19 
 
 		 487 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  40.76 
 
 		 509 aa  296  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  41.15 
 
 		 490 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  41.1 
 
 		 479 aa  293  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  37.37 
 
 		 491 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  45.77 
 
 		 472 aa  291  1e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  40.48 
 
 		 507 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  36.8 
 
 		 494 aa  288  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  38.68 
 
 		 494 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  45.12 
 
 		 468 aa  288  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  42.17 
 
 		 473 aa  286  5e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  40.04 
 
 		 507 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  40.22 
 
 		 490 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  37.47 
 
 		 494 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  38.46 
 
 		 494 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  40.39 
 
 		 492 aa  282  9e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  37.72 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  37.72 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  37.72 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  39.65 
 
 		 516 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  39.87 
 
 		 516 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  37.21 
 
 		 494 aa  279  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  41.16 
 
 		 498 aa  277  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  41.83 
 
 		 498 aa  276  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  39.71 
 
 		 507 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  37.84 
 
 		 522 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  40.75 
 
 		 556 aa  259  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  38.02 
 
 		 485 aa  259  7e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  36.93 
 
 		 507 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  39.41 
 
 		 535 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  39 
 
 		 508 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  37.58 
 
 		 497 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  39.61 
 
 		 473 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  37.31 
 
 		 505 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  37.71 
 
 		 521 aa  250  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  35.37 
 
 		 496 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  37.15 
 
 		 497 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  37.15 
 
 		 484 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  37.15 
 
 		 484 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  36.81 
 
 		 485 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  37.15 
 
 		 484 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  37.15 
 
 		 484 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  37.15 
 
 		 546 aa  247  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  35.78 
 
 		 494 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  36.93 
 
 		 484 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  38.24 
 
 		 506 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  37.89 
 
 		 495 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  35.67 
 
 		 485 aa  240  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  39.45 
 
 		 485 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  35.96 
 
 		 485 aa  239  9e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  35.36 
 
 		 480 aa  238  1e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  37.44 
 
 		 485 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  39.65 
 
 		 459 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  37.13 
 
 		 481 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  38.63 
 
 		 463 aa  233  7.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  35.25 
 
 		 495 aa  227  3e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  37.34 
 
 		 463 aa  226  6e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  33.63 
 
 		 472 aa  226  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  36.38 
 
 		 481 aa  219  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  34.58 
 
 		 469 aa  219  6e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  36.29 
 
 		 494 aa  219  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  37.28 
 
 		 480 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  36.42 
 
 		 480 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  37.53 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  31.58 
 
 		 475 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.51 
 
 		 485 aa  211  2e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  36.85 
 
 		 495 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  35.02 
 
 		 463 aa  210  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  36.53 
 
 		 504 aa  204  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  35.97 
 
 		 469 aa  204  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3358  amidase  37.83 
 
 		 470 aa  204  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.727404  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  34.95 
 
 		 471 aa  203  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  34.75 
 
 		 469 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  34.86 
 
 		 487 aa  199  7.999999999999999e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  34 
 
 		 469 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  32.96 
 
 		 475 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  33.04 
 
 		 471 aa  194  4e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  31.78 
 
 		 483 aa  193  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  33.78 
 
 		 469 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.28 
 
 		 485 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  33.11 
 
 		 474 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6180  amidase  33.91 
 
 		 470 aa  189  9e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.718861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  32.81 
 
 		 467 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02330  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.67 
 
 		 477 aa  189  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.313614  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.65 
 
 		 480 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0334  amidase  32.5 
 
 		 465 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  34.81 
 
 		 468 aa  187  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1372  Amidase  30.65 
 
 		 467 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>