More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1770 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1770  amidase  100 
 
 		 475 aa  969    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  64.97 
 
 		 492 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  39.08 
 
 		 477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  43.36 
 
 		 458 aa  303  4.0000000000000003e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  37.11 
 
 		 472 aa  288  2e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  37.61 
 
 		 475 aa  279  9e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.46 
 
 		 473 aa  269  7e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  38.56 
 
 		 468 aa  250  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  38.13 
 
 		 495 aa  249  1e-64  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  39.33 
 
 		 475 aa  242  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  33.89 
 
 		 472 aa  242  1e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  37.77 
 
 		 469 aa  236  6e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1621  amidase  40.3 
 
 		 469 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.911552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  35.44 
 
 		 474 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  36.15 
 
 		 466 aa  233  8.000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  37.12 
 
 		 471 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  35.88 
 
 		 463 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  35.17 
 
 		 494 aa  229  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  36.29 
 
 		 509 aa  229  9e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  34.29 
 
 		 480 aa  229  1e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  35.46 
 
 		 490 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  35.73 
 
 		 490 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  34.37 
 
 		 494 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  38.95 
 
 		 471 aa  226  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  35.23 
 
 		 507 aa  226  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  38.41 
 
 		 469 aa  225  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  34.23 
 
 		 494 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  34.91 
 
 		 507 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  35.68 
 
 		 470 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  34.39 
 
 		 483 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  33.47 
 
 		 494 aa  223  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  34.25 
 
 		 494 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  34.25 
 
 		 494 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  34.25 
 
 		 494 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  36.68 
 
 		 471 aa  222  9.999999999999999e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  35.81 
 
 		 487 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  32.39 
 
 		 534 aa  219  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  34.66 
 
 		 494 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  33.81 
 
 		 499 aa  219  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  33.47 
 
 		 496 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  37.08 
 
 		 469 aa  216  5.9999999999999996e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  36.06 
 
 		 521 aa  216  7e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  34.01 
 
 		 556 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  35.15 
 
 		 485 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  36.06 
 
 		 486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  36.63 
 
 		 468 aa  213  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  36.02 
 
 		 474 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1360  amidase  34.24 
 
 		 466 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267228  hitchhiker  0.0000102639 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  33.4 
 
 		 475 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  36.8 
 
 		 481 aa  209  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  35.96 
 
 		 469 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  36.9 
 
 		 469 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  37.5 
 
 		 469 aa  208  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  38.32 
 
 		 504 aa  208  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  34.27 
 
 		 467 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  36.87 
 
 		 498 aa  207  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2332  amidase  32.21 
 
 		 542 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  36.21 
 
 		 472 aa  204  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  32.7 
 
 		 485 aa  203  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.05 
 
 		 479 aa  201  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  33.47 
 
 		 485 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  35.24 
 
 		 522 aa  201  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  37.55 
 
 		 477 aa  200  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  35.53 
 
 		 469 aa  200  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  31.91 
 
 		 477 aa  199  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  35.31 
 
 		 471 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  34.26 
 
 		 516 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  34.16 
 
 		 480 aa  198  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.6 
 
 		 485 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  31.21 
 
 		 475 aa  197  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  31.39 
 
 		 466 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  33.4 
 
 		 473 aa  197  5.000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  34.04 
 
 		 516 aa  197  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  32.75 
 
 		 471 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  31.58 
 
 		 470 aa  196  6e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  30.94 
 
 		 473 aa  196  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  35 
 
 		 461 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  33.48 
 
 		 477 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  35.01 
 
 		 535 aa  192  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  36.29 
 
 		 507 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  32.7 
 
 		 482 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  31.97 
 
 		 505 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  30.75 
 
 		 491 aa  190  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  36.23 
 
 		 480 aa  190  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.31 
 
 		 486 aa  190  5e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0334  amidase  31.01 
 
 		 465 aa  190  5.999999999999999e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  33.88 
 
 		 481 aa  189  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  30.39 
 
 		 470 aa  189  8e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  30.19 
 
 		 494 aa  189  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  33.68 
 
 		 461 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.31 
 
 		 486 aa  188  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  30.96 
 
 		 485 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  32.42 
 
 		 471 aa  188  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2065  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.58 
 
 		 485 aa  188  2e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.700676 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1602  amidase  36.29 
 
 		 476 aa  187  2e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0559  amidase  34.58 
 
 		 468 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  33.05 
 
 		 492 aa  187  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1543  Amidase  38.46 
 
 		 477 aa  187  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00658018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  32.54 
 
 		 468 aa  187  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0671  Amidase  34.34 
 
 		 503 aa  187  5e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.378102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>