More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2125 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2125  amidase  100 
 
 		 471 aa  957    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3296  amidase  81.95 
 
 		 471 aa  754    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297102  normal  0.0238145 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3929  amidase  81.95 
 
 		 471 aa  747    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5261  amidase  65.61 
 
 		 473 aa  584  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503893  normal  0.344204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4805  amidase  58.57 
 
 		 464 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.345953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1293  amidase  58.3 
 
 		 461 aa  506  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.66959  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4488  amidase  57.77 
 
 		 463 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55200  amidase  59.22 
 
 		 464 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772002  hitchhiker  0.00000000118324 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4356  amidase  57.58 
 
 		 472 aa  480  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0637971  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5442  amidase  55.79 
 
 		 493 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5648  amidase  55.19 
 
 		 464 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0886  amidase  58.62 
 
 		 467 aa  475  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.30805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0815  amidase  58.19 
 
 		 467 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0140  amidase  54.43 
 
 		 468 aa  445  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.202904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1643  amidase  57.05 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0396025  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1403  amidase  52.27 
 
 		 464 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1032  amidase  52.27 
 
 		 464 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1257  amidase  52.27 
 
 		 464 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.61145  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1265  amidase  52.27 
 
 		 464 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1098  amidase  52.05 
 
 		 464 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1864  amidase  52.05 
 
 		 464 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0454  amidase  56.1 
 
 		 471 aa  433  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329272  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0768  amidase  51.84 
 
 		 464 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0381  amidase  51.84 
 
 		 464 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.563141  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1969  amidase  50.98 
 
 		 470 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  39.17 
 
 		 469 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  38.95 
 
 		 469 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  39.7 
 
 		 469 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  40.68 
 
 		 469 aa  259  8e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  38.23 
 
 		 477 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  36.42 
 
 		 469 aa  246  6e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  37.95 
 
 		 468 aa  244  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  38.29 
 
 		 467 aa  240  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  41.24 
 
 		 469 aa  234  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  37.25 
 
 		 474 aa  229  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1975  amidase  35.93 
 
 		 470 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  33.26 
 
 		 477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  39.45 
 
 		 504 aa  221  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  32.61 
 
 		 468 aa  217  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  33.85 
 
 		 472 aa  216  8e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  34.67 
 
 		 471 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  37.69 
 
 		 474 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  35.34 
 
 		 471 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  32.68 
 
 		 472 aa  206  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4085  Amidase  38.77 
 
 		 469 aa  202  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1754  putative amidase  34.9 
 
 		 471 aa  201  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.674752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3216  amidase  35.59 
 
 		 478 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.48 
 
 		 485 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  34.85 
 
 		 490 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  32.67 
 
 		 475 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  32.83 
 
 		 475 aa  193  6e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  34.14 
 
 		 463 aa  192  9e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  34.97 
 
 		 473 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  34.13 
 
 		 486 aa  192  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  33.76 
 
 		 475 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  33.19 
 
 		 487 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  35.57 
 
 		 471 aa  189  8e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  34.35 
 
 		 490 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.21 
 
 		 491 aa  189  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.81 
 
 		 475 aa  187  4e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3772  Amidase  33.77 
 
 		 469 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3815  amidase  35.23 
 
 		 471 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000420509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  34.12 
 
 		 471 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.91 
 
 		 479 aa  185  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2842  amidase  33.41 
 
 		 477 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779137 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  33.26 
 
 		 473 aa  183  6e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3170  amidase  33.12 
 
 		 490 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.43381 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  29.64 
 
 		 491 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  33.19 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4065  amidase  34.33 
 
 		 468 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  33.4 
 
 		 499 aa  180  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  34.23 
 
 		 491 aa  180  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3371  amidase  34.64 
 
 		 469 aa  179  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  32.16 
 
 		 483 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  31.18 
 
 		 556 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3526  amidase  33.12 
 
 		 490 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  32.2 
 
 		 466 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  31.48 
 
 		 496 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  31.69 
 
 		 494 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  32.22 
 
 		 459 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  33.26 
 
 		 475 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0287  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.38 
 
 		 486 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000251975  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.52 
 
 		 485 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  30.69 
 
 		 495 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1438  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.04 
 
 		 485 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.839892  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  30.47 
 
 		 494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1519  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.87 
 
 		 491 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000900882  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  32.08 
 
 		 495 aa  172  9e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2360  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.75 
 
 		 487 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.100992  normal  0.201159 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  31.34 
 
 		 484 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  31.34 
 
 		 497 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.04 
 
 		 482 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  31.34 
 
 		 484 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  31.34 
 
 		 484 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  31.34 
 
 		 484 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  31.63 
 
 		 546 aa  171  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.57 
 
 		 486 aa  170  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3751  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.93 
 
 		 485 aa  170  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  31.21 
 
 		 505 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5044  amidase  34.17 
 
 		 473 aa  169  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00761067  normal  0.0205889 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>