More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0111 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  100 
 
 		 459 aa  898    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  57.11 
 
 		 477 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4041  amidase  48.92 
 
 		 468 aa  319  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0559  amidase  46.85 
 
 		 468 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  35.51 
 
 		 472 aa  223  8e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  38.46 
 
 		 461 aa  213  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  38.4 
 
 		 467 aa  210  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.66 
 
 		 485 aa  209  1e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  36.5 
 
 		 496 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  35.28 
 
 		 494 aa  206  9e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  33.61 
 
 		 477 aa  204  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0729  putative amidase  37.82 
 
 		 471 aa  203  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.498562  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  34.78 
 
 		 466 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  34.97 
 
 		 474 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  35.85 
 
 		 471 aa  201  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  34.85 
 
 		 472 aa  201  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  35.18 
 
 		 469 aa  197  4.0000000000000005e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  35.54 
 
 		 475 aa  196  7e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  33.4 
 
 		 470 aa  196  9e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  34.95 
 
 		 471 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.66 
 
 		 486 aa  193  7e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  36.31 
 
 		 461 aa  192  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  36.34 
 
 		 468 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  35.94 
 
 		 463 aa  190  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  33.19 
 
 		 471 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2009  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  34.3 
 
 		 487 aa  190  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  30.2 
 
 		 486 aa  190  5.999999999999999e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  33.33 
 
 		 494 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  35.74 
 
 		 469 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  32.26 
 
 		 470 aa  186  8e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  34.47 
 
 		 490 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4750  Amidase  35.89 
 
 		 504 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.823307 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  33.47 
 
 		 475 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  35.32 
 
 		 469 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.52 
 
 		 485 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  35.74 
 
 		 469 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  33.26 
 
 		 475 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  36.84 
 
 		 479 aa  183  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  34.04 
 
 		 490 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  34.45 
 
 		 469 aa  183  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  34.04 
 
 		 507 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  34.09 
 
 		 499 aa  182  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.56 
 
 		 491 aa  182  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  32.63 
 
 		 485 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0166  amidase  33.54 
 
 		 479 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  34.12 
 
 		 498 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  33.48 
 
 		 507 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  28.54 
 
 		 491 aa  179  8e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  33.97 
 
 		 498 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4474  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.55 
 
 		 483 aa  179  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.71 
 
 		 486 aa  179  9e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0428  putative amidase  33.83 
 
 		 474 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  34.85 
 
 		 477 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  32.85 
 
 		 480 aa  179  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  30.33 
 
 		 472 aa  178  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12630  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.26 
 
 		 483 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.57 
 
 		 475 aa  178  2e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06981  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.51 
 
 		 487 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.629931  normal  0.214805 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.04 
 
 		 485 aa  177  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  32.29 
 
 		 494 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3208  amidase  36.63 
 
 		 462 aa  176  7e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.75 
 
 		 505 aa  176  9e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4284  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.96 
 
 		 483 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.04 
 
 		 482 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  35.55 
 
 		 489 aa  176  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4165  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.75 
 
 		 483 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  32.33 
 
 		 491 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  31.9 
 
 		 494 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0373  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.13 
 
 		 487 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0268901  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  33.89 
 
 		 485 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  35.93 
 
 		 473 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  32.08 
 
 		 494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  34.02 
 
 		 495 aa  174  3.9999999999999995e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  34.66 
 
 		 473 aa  173  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1112  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.22 
 
 		 491 aa  173  5.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.881874  hitchhiker  0.000642876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  31.8 
 
 		 494 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  31.8 
 
 		 494 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  31.8 
 
 		 494 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0836  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.07 
 
 		 483 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0318775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  30.92 
 
 		 475 aa  173  6.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0177  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  35.56 
 
 		 471 aa  173  6.999999999999999e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.979626  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  34.86 
 
 		 486 aa  172  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2561  amidotransferase (amidase)  35.17 
 
 		 477 aa  172  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  27.25 
 
 		 479 aa  172  9e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2360  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.97 
 
 		 487 aa  172  9e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.100992  normal  0.201159 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3381  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.47 
 
 		 485 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1220  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.33 
 
 		 491 aa  172  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.82883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3644  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.52 
 
 		 485 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  31.71 
 
 		 476 aa  172  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  35.25 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  34.51 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  35.79 
 
 		 508 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  33.83 
 
 		 481 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  31.56 
 
 		 494 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5261  amidase  34.78 
 
 		 473 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503893  normal  0.344204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  33.4 
 
 		 487 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  32.98 
 
 		 485 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  34.62 
 
 		 482 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4217  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.51 
 
 		 483 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  33.47 
 
 		 473 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>