More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2609 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  73.32 
 
 		 496 aa  707    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  87.47 
 
 		 485 aa  841    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  81 
 
 		 485 aa  778    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  100 
 
 		 485 aa  983    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  94.19 
 
 		 485 aa  897    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  73.9 
 
 		 494 aa  717    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  65.33 
 
 		 485 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  568  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  568  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  59.03 
 
 		 494 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  568  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  58.61 
 
 		 494 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  58.8 
 
 		 494 aa  551  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  60.29 
 
 		 485 aa  554  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  56.96 
 
 		 494 aa  546  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  58.61 
 
 		 497 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  58.61 
 
 		 546 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  58.61 
 
 		 484 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  58.61 
 
 		 484 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  58.82 
 
 		 484 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  58.61 
 
 		 484 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  58.61 
 
 		 484 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  58.17 
 
 		 497 aa  528  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  56.29 
 
 		 556 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  55.97 
 
 		 494 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  55.7 
 
 		 491 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  54.68 
 
 		 505 aa  501  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  56.34 
 
 		 494 aa  489  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  57.58 
 
 		 521 aa  490  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  56.14 
 
 		 480 aa  487  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  55.46 
 
 		 486 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  55.41 
 
 		 495 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  51.8 
 
 		 481 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  52.23 
 
 		 481 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  45.26 
 
 		 472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  49.67 
 
 		 480 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  46.09 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  46.17 
 
 		 459 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  44.7 
 
 		 472 aa  353  5e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  43.64 
 
 		 477 aa  350  3e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  43.78 
 
 		 472 aa  347  2e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  44.97 
 
 		 475 aa  346  5e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  45.88 
 
 		 463 aa  325  1e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  42.25 
 
 		 466 aa  300  3e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  41.26 
 
 		 479 aa  295  1e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  42.67 
 
 		 490 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  43.07 
 
 		 472 aa  294  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  42 
 
 		 490 aa  293  6e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  40.9 
 
 		 473 aa  281  2e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  38.8 
 
 		 487 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  41.14 
 
 		 468 aa  259  7e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  38.46 
 
 		 473 aa  252  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  42.59 
 
 		 477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  39.45 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  38.56 
 
 		 509 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  35.82 
 
 		 492 aa  230  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  37.2 
 
 		 508 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  35.9 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  36.03 
 
 		 507 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  37.78 
 
 		 482 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  34.49 
 
 		 495 aa  223  6e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  37.93 
 
 		 473 aa  223  9e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  36.12 
 
 		 498 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  35.47 
 
 		 516 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  36.15 
 
 		 507 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  32.83 
 
 		 495 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  33.12 
 
 		 480 aa  218  2e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  36.23 
 
 		 477 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  35.54 
 
 		 498 aa  216  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  35.56 
 
 		 507 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  36.67 
 
 		 506 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  34.91 
 
 		 522 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  35.06 
 
 		 507 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.64 
 
 		 486 aa  197  3e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  38.28 
 
 		 471 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.9 
 
 		 486 aa  196  6e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.35 
 
 		 463 aa  196  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  36.72 
 
 		 461 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.86 
 
 		 483 aa  194  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  31.17 
 
 		 475 aa  193  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  31.99 
 
 		 483 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  34.35 
 
 		 467 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.91 
 
 		 463 aa  189  8e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.29 
 
 		 486 aa  189  1e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  33.76 
 
 		 469 aa  189  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.03 
 
 		 485 aa  188  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.69 
 
 		 484 aa  188  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  32.4 
 
 		 474 aa  188  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.19 
 
 		 483 aa  187  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.24 
 
 		 482 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  32.62 
 
 		 458 aa  186  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  34.67 
 
 		 469 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.51 
 
 		 485 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0670  Amidase  30.63 
 
 		 509 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0474634  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  30.27 
 
 		 475 aa  183  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.23 
 
 		 495 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  33.68 
 
 		 468 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  33.19 
 
 		 459 aa  180  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  34.27 
 
 		 535 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2489  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.56 
 
 		 490 aa  178  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.111465  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>