More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0870 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0870  amidase  100 
 
 		 459 aa  920    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  48.16 
 
 		 472 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  49.89 
 
 		 494 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  50.33 
 
 		 496 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  49.22 
 
 		 485 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  52.88 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  49.1 
 
 		 485 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  47.73 
 
 		 494 aa  375  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  50.33 
 
 		 486 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  49.78 
 
 		 480 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  46.68 
 
 		 494 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  46.68 
 
 		 491 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  49.02 
 
 		 481 aa  368  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  46.76 
 
 		 485 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  46.41 
 
 		 494 aa  365  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  46.17 
 
 		 485 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  45.97 
 
 		 494 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  45.75 
 
 		 494 aa  362  9e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  45.97 
 
 		 494 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  48.59 
 
 		 481 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  47.87 
 
 		 495 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  48.14 
 
 		 521 aa  360  4e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  46.95 
 
 		 485 aa  359  6e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  46.82 
 
 		 505 aa  359  7e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  50 
 
 		 485 aa  358  8e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  46.41 
 
 		 494 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  46.41 
 
 		 494 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  46.41 
 
 		 494 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  45.12 
 
 		 556 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  48.28 
 
 		 480 aa  357  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  45.49 
 
 		 497 aa  334  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  44.83 
 
 		 484 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  44.33 
 
 		 484 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  44.61 
 
 		 484 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  44.61 
 
 		 484 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  44.33 
 
 		 497 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  44.61 
 
 		 484 aa  329  6e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  44.33 
 
 		 546 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  41.16 
 
 		 477 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  41.03 
 
 		 472 aa  299  8e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  39.4 
 
 		 472 aa  291  2e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  42.21 
 
 		 475 aa  286  4e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  38.8 
 
 		 473 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  42.76 
 
 		 463 aa  254  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  40.26 
 
 		 466 aa  249  6e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  39.65 
 
 		 477 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  38.81 
 
 		 498 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  38.96 
 
 		 472 aa  242  9e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  37.88 
 
 		 495 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  42.31 
 
 		 468 aa  239  8e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  39.5 
 
 		 477 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  37.33 
 
 		 482 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  39.96 
 
 		 498 aa  236  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  37.07 
 
 		 480 aa  230  4e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  36.7 
 
 		 479 aa  229  1e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  38.6 
 
 		 473 aa  228  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  37.67 
 
 		 477 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  39.18 
 
 		 490 aa  224  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  37.95 
 
 		 490 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  35.59 
 
 		 507 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  34.11 
 
 		 507 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  35.97 
 
 		 495 aa  206  9e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  35.67 
 
 		 492 aa  204  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  35.13 
 
 		 516 aa  202  7e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  34.7 
 
 		 516 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  35.46 
 
 		 458 aa  200  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  35.48 
 
 		 509 aa  196  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  34.82 
 
 		 487 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  34.83 
 
 		 471 aa  193  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  33.55 
 
 		 522 aa  192  7e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  35.11 
 
 		 473 aa  183  7e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  35.18 
 
 		 507 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  32.71 
 
 		 499 aa  180  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  32.83 
 
 		 508 aa  179  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  35.6 
 
 		 461 aa  176  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  34.19 
 
 		 506 aa  176  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  33.33 
 
 		 461 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  35.2 
 
 		 507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.55 
 
 		 479 aa  174  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.97 
 
 		 483 aa  172  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  33.62 
 
 		 459 aa  171  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  34.21 
 
 		 470 aa  170  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.51 
 
 		 463 aa  170  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  32.3 
 
 		 477 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.32 
 
 		 491 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  33.26 
 
 		 469 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  33.55 
 
 		 469 aa  164  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0729  putative amidase  33.96 
 
 		 471 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.498562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.78 
 
 		 463 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  32.18 
 
 		 474 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3369  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.34 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  32.8 
 
 		 461 aa  160  4e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.99 
 
 		 486 aa  160  5e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.4 
 
 		 484 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  30 
 
 		 470 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  32.89 
 
 		 467 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  29.17 
 
 		 475 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  32.57 
 
 		 476 aa  157  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.56 
 
 		 485 aa  156  7e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.77 
 
 		 484 aa  156  7e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>