More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3666 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1896  amidase  76.13 
 
 		 465 aa  681    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  100 
 
 		 466 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3471  amidase  76.34 
 
 		 465 aa  685    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4149  amidase  73.18 
 
 		 465 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6296  amidase  69.53 
 
 		 464 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0413  amidase  66.09 
 
 		 466 aa  579  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0894  amidase  67.68 
 
 		 464 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  61.08 
 
 		 466 aa  553  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  60.13 
 
 		 467 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  60.96 
 
 		 466 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  60.96 
 
 		 466 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3449  amidase  60.13 
 
 		 467 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1407  amidase  62.05 
 
 		 473 aa  531  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  52.02 
 
 		 478 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  49.89 
 
 		 471 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3556  amidase  51.07 
 
 		 473 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6072  amidase  50.21 
 
 		 471 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2400  indoleacetamide hydrolase  47.32 
 
 		 467 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  38.8 
 
 		 499 aa  302  7.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2081  amidase  44.03 
 
 		 524 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1619  amidase  43.27 
 
 		 485 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.445224  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1577  amidase  39.83 
 
 		 478 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  40.42 
 
 		 470 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0468  amidase  43.47 
 
 		 438 aa  240  5e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0410275  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  35.52 
 
 		 469 aa  230  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.73 
 
 		 472 aa  209  8e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  34.72 
 
 		 477 aa  207  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  35.53 
 
 		 473 aa  202  7e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  35.54 
 
 		 472 aa  189  7e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  35.31 
 
 		 475 aa  186  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  35.56 
 
 		 461 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.48 
 
 		 495 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  33.33 
 
 		 494 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  33.12 
 
 		 494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  33.55 
 
 		 494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  33.12 
 
 		 494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  32.14 
 
 		 474 aa  173  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  31.56 
 
 		 466 aa  170  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  32.91 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  32.91 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  32.91 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  34.71 
 
 		 479 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  35.39 
 
 		 458 aa  167  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3206  amidase  29.47 
 
 		 468 aa  164  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.829044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  32.12 
 
 		 469 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  42.86 
 
 		 477 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  40.74 
 
 		 475 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  32 
 
 		 464 aa  162  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  33.98 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.91 
 
 		 489 aa  160  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  31.91 
 
 		 469 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  31.89 
 
 		 469 aa  159  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  33.98 
 
 		 473 aa  159  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  32.67 
 
 		 485 aa  159  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  33.48 
 
 		 467 aa  158  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0152  amidase  32.35 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.65 
 
 		 485 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0436  putative amidase  32.62 
 
 		 471 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258075  normal  0.851149 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.66 
 
 		 480 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0659  putative amidase  31.69 
 
 		 469 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  33.55 
 
 		 480 aa  154  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.85 
 
 		 485 aa  153  8e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  30.67 
 
 		 475 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  32.35 
 
 		 498 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  33.48 
 
 		 459 aa  152  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4260  amidase  30.32 
 
 		 471 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.016839  hitchhiker  0.000222937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  29.49 
 
 		 496 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  26.33 
 
 		 486 aa  150  5e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  31.15 
 
 		 467 aa  149  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.83 
 
 		 486 aa  149  9e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  33.61 
 
 		 481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  34.68 
 
 		 447 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  28.11 
 
 		 469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  31.86 
 
 		 463 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  31.93 
 
 		 463 aa  147  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5240  putative amidase  31.32 
 
 		 485 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.273599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1679  amidase  32.03 
 
 		 500 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.33 
 
 		 486 aa  146  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  27.47 
 
 		 469 aa  146  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  30.95 
 
 		 487 aa  146  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1350  amidase  27.65 
 
 		 446 aa  146  9e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.149618  normal  0.0776826 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  32.63 
 
 		 495 aa  145  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  30.77 
 
 		 473 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1909  Amidase  32.33 
 
 		 471 aa  145  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.769881 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  42.26 
 
 		 484 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  33.26 
 
 		 468 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0218  Amidase  34.68 
 
 		 469 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0507638  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0151  Amidase  30.93 
 
 		 475 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  30.72 
 
 		 490 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  29.76 
 
 		 475 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.8 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  31.22 
 
 		 482 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  32.99 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  41.84 
 
 		 497 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  41.84 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1251  amidase  30.75 
 
 		 466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.406774  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  41.84 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  29.41 
 
 		 480 aa  142  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  29.14 
 
 		 494 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  41.84 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>