More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1552 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1552  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 324 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.717639 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2945  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.61 
 
 		 329 aa  396  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.791043 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.37 
 
 		 323 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.37 
 
 		 323 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.92 
 
 		 319 aa  391  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3801  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.37 
 
 		 318 aa  385  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1105  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.38 
 
 		 331 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.96 
 
 		 320 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1968  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.59 
 
 		 317 aa  365  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.66 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.977894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.53 
 
 		 334 aa  295  8e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  48.26 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.32 
 
 		 321 aa  290  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.73 
 
 		 360 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 		 325 aa  289  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.69 
 
 		 323 aa  288  8e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.06 
 
 		 330 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.37 
 
 		 380 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0843944  normal  0.941368 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.48 
 
 		 331 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.02 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.4 
 
 		 327 aa  280  3e-74  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000104251 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4203  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.96 
 
 		 340 aa  280  3e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.8 
 
 		 364 aa  279  5e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0945  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.77 
 
 		 351 aa  278  1e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0963  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.77 
 
 		 351 aa  278  1e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.6787 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.97 
 
 		 327 aa  276  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  43.24 
 
 		 373 aa  276  3e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2132  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.75 
 
 		 348 aa  276  3e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0323729 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  47.17 
 
 		 322 aa  276  4e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3411  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.04 
 
 		 335 aa  276  4e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.386672  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.88 
 
 		 342 aa  275  8e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.43 
 
 		 359 aa  275  9e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2614  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44 
 
 		 342 aa  274  1.0000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.73 
 
 		 362 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.94 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.71 
 
 		 346 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.94 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.91 
 
 		 344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.31 
 
 		 346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11545  GDP-D-mannose dehydratase gmdA  43.12 
 
 		 340 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.73 
 
 		 368 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.45 
 
 		 320 aa  272  5.000000000000001e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4754  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 		 350 aa  272  6e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.24 
 
 		 345 aa  272  6e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.38 
 
 		 362 aa  271  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.11 
 
 		 346 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.31 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.19 
 
 		 363 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  44.58 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.69 
 
 		 383 aa  269  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.45 
 
 		 329 aa  269  4e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.48 
 
 		 367 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1827  GDP-mannose 4,6-dehydratase  49.23 
 
 		 330 aa  269  5e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.691167  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.37 
 
 		 343 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.43 
 
 		 327 aa  268  8e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.68 
 
 		 338 aa  268  1e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0263773  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.78 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.75 
 
 		 345 aa  267  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.31 
 
 		 346 aa  267  2e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.23 
 
 		 368 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  44.31 
 
 		 346 aa  267  2e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.01 
 
 		 346 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.69 
 
 		 361 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.67 
 
 		 343 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.02 
 
 		 361 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.35 
 
 		 362 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.47 
 
 		 344 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.11 
 
 		 346 aa  266  4e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.74 
 
 		 360 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8229  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.91 
 
 		 342 aa  266  5e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.7 
 
 		 344 aa  265  7e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.81 
 
 		 348 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.18 
 
 		 348 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.94 
 
 		 344 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.18 
 
 		 348 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.18 
 
 		 348 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1762  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.95 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.319433 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0211  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.12 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.140202 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.45 
 
 		 347 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  45.81 
 
 		 353 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.66 
 
 		 371 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.31 
 
 		 347 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.88 
 
 		 348 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.88 
 
 		 348 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.41 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.61 
 
 		 347 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.41 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.41 
 
 		 339 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.41 
 
 		 339 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.7 
 
 		 347 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4424  GDP-mannose 4,6-dehydratase  46.15 
 
 		 340 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  41.92 
 
 		 344 aa  263  4e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.48 
 
 		 363 aa  262  6e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2129  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 		 347 aa  262  6e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.02 
 
 		 388 aa  261  8e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.58 
 
 		 345 aa  261  8.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  44.44 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  43.31 
 
 		 361 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  44.05 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  42.82 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.927486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>