More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5127 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5218  DedA family protein  99.07 
 
 		 214 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.488895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5127  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5252  DedA family protein  75.48 
 
 		 220 aa  322  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5041  hypothetical protein  89.2 
 
 		 214 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5989  hypothetical protein  78.06 
 
 		 196 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0291  hypothetical protein  74.88 
 
 		 220 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69250  hypothetical protein  81.62 
 
 		 196 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5466  hypothetical protein  73.83 
 
 		 218 aa  287  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.939965  normal  0.0246648 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0298  hypothetical protein  57.5 
 
 		 184 aa  191  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3150  hypothetical protein  40.44 
 
 		 185 aa  131  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2742  DedA family protein  35.23 
 
 		 193 aa  119  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2029  hypothetical protein  38.59 
 
 		 202 aa  119  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21733  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1368  hypothetical protein  35.24 
 
 		 212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000019954  hitchhiker  0.00000047765 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2688  uncharacterized membrane-associated protein-like protein  38.51 
 
 		 206 aa  118  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.69909  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1551  uncharacterized membrane-associated protein-like protein  37.93 
 
 		 212 aa  118  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000813787 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1474  DedA family protein  39.78 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1541  hypothetical protein  39.29 
 
 		 193 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2516  inner membrane protein YohD  37.02 
 
 		 189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2404  hypothetical protein  37.02 
 
 		 189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2359  inner membrane protein YohD  37.02 
 
 		 189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.84239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2315  inner membrane protein YohD  37.02 
 
 		 189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1350  SNARE associated Golgi protein  39.23 
 
 		 187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00752365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2408  inner membrane protein YohD  36.36 
 
 		 189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.425446  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02066  conserved inner membrane protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2426  hypothetical protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02024  hypothetical protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1521  SNARE associated Golgi protein-like protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0835  hypothetical protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3263  hypothetical protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0121567 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0907  hypothetical protein  36.94 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.339562  normal  0.188855 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2271  hypothetical protein  38.1 
 
 		 192 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1511  SNARE associated Golgi protein  38.1 
 
 		 192 aa  103  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2736  hypothetical protein  35.91 
 
 		 188 aa  102  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.629413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5832  SNARE associated Golgi protein  35.48 
 
 		 189 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0701046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1159  hypothetical protein  40.62 
 
 		 196 aa  101  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1443  membrane protein, DedA family  40.62 
 
 		 196 aa  101  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.611046  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6745  SNARE associated Golgi protein  35.71 
 
 		 189 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2869  SNARE associated Golgi protein  34.62 
 
 		 203 aa  95.9  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0399631 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0036  hypothetical protein  35.67 
 
 		 204 aa  92.8  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1695  integral membrane protein  32.26 
 
 		 190 aa  90.5  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1607  phage integrase family site specific recombinase  33.12 
 
 		 201 aa  89.7  3e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000335594  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0887  integral membrane protein  36.99 
 
 		 187 aa  88.6  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0519  DedA family protein  27.65 
 
 		 185 aa  88.2  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.72895  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1045  DedA family protein  29.1 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.429498  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1224  DedA family protein  27.06 
 
 		 185 aa  85.1  8e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1344  DedA family protein  27.06 
 
 		 185 aa  84.7  0.000000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0240972  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2487  hypothetical protein  31.15 
 
 		 194 aa  84.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.35222  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0504  integral membrane protein  27.17 
 
 		 189 aa  84  0.000000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0935  DedA family protein  31.21 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.754047  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0679  conserved hypothetical integral membrane protein, DedA family  32.89 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0542  SNARE associated Golgi protein  30.99 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00029156  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0886  DedA family protein  31.21 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1316  preprotein translocase, YajC subunit  33.92 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000599  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1006  DedA family protein  30.5 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.738671  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1400  integral membrane protein  27.42 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.965854  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1168  DedA family protein  29.08 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.247815  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1215  hypothetical protein  26.9 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.758432  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0010  hypothetical protein  32.46 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.163704  normal  0.0549348 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0838  hypothetical protein  34.51 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1307  GTP-binding protein  29.05 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0416159  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1332  integral membrane protein  30.38 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0232  phosphoesterase, PA-phosphatase related  39.46 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4907  SNARE associated Golgi protein  31.73 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.703178 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4191  DedA family protein  28.12 
 
 		 192 aa  72  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2003  hypothetical protein  32.47 
 
 		 681 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248877  normal  0.0352178 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0915  hypothetical protein  32.56 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00745427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4765  phosphoesterase PA-phosphatase related  32.47 
 
 		 668 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000123092  hitchhiker  0.00379907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2135  DedA family protein  35.11 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1314  SNARE associated Golgi protein-related protein  26.92 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.38918  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1164  SNARE associated Golgi protein  35.45 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0628  hypothetical protein  31.41 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.341746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2291  SNARE associated Golgi protein  34.35 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4992  SNARE associated Golgi protein  31.79 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2256  SNARE associated Golgi protein  31.32 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2694  inner membrane protein YohD  33.33 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3543  DedA family protein  29.93 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0412  DedA family protein  29.93 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3718  DedA family protein  30.77 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0453  SNARE associated Golgi protein  26.56 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4224  DedA protein (DSG-1 protein)  28.37 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0539738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3851  phosphoesterase PA-phosphatase related  31.33 
 
 		 671 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.294206  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0819  DedA family protein  27.1 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0427  SNARE associated Golgi protein  26.56 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160448  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2070  SNARE associated Golgi protein-related protein  34.55 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000366664  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0105  SNARE associated Golgi protein  34.35 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3887  SNARE associated Golgi protein  29.93 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1806  hypothetical protein  28.98 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.87635  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0514  DedA family protein  27.89 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0439  SNARE associated Golgi protein  26.56 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0969745 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1595  phosphoesterase, PA-phosphatase related  31.11 
 
 		 458 aa  63.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0095  DedA family protein  32.7 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1394  SNARE associated Golgi protein  29 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2081  putative integral membrane protein dedA-like protein  27.78 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.253435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1759  hypothetical protein  28.37 
 
 		 213 aa  62  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.335415  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1474  SNARE associated Golgi protein  30.53 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0186  SNARE associated Golgi protein  27.27 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4526  hypothetical protein  36.43 
 
 		 222 aa  62  0.000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004319  membrane protein  25 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30240  uncharacterized membrane-associated protein  32.65 
 
 		 228 aa  60.8  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.397546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0543  SNARE associated Golgi protein  27.54 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.582875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>