More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0298 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0298  hypothetical protein  100 
 
 		 184 aa  358  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5989  hypothetical protein  54.35 
 
 		 196 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5252  DedA family protein  51.37 
 
 		 220 aa  194  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5218  DedA family protein  58.13 
 
 		 214 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.488895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5127  hypothetical protein  57.5 
 
 		 214 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69250  hypothetical protein  57.14 
 
 		 196 aa  191  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5041  hypothetical protein  56.6 
 
 		 214 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0291  hypothetical protein  53.11 
 
 		 220 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5466  hypothetical protein  55 
 
 		 218 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.939965  normal  0.0246648 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2742  DedA family protein  39.11 
 
 		 193 aa  136  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3150  hypothetical protein  36.81 
 
 		 185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.942177  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1541  hypothetical protein  40.33 
 
 		 193 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2029  hypothetical protein  35.94 
 
 		 202 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21733  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2359  inner membrane protein YohD  36.96 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.84239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2404  hypothetical protein  36.96 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2315  inner membrane protein YohD  36.96 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2516  inner membrane protein YohD  36.96 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2408  inner membrane protein YohD  36.93 
 
 		 189 aa  100  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.425446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1551  uncharacterized membrane-associated protein-like protein  33.33 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000813787 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1368  hypothetical protein  34.9 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000019954  hitchhiker  0.00000047765 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2688  uncharacterized membrane-associated protein-like protein  33.33 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.69909  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2736  hypothetical protein  37.43 
 
 		 188 aa  99.8  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.629413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5832  SNARE associated Golgi protein  33.7 
 
 		 189 aa  99.8  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0701046  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02066  conserved inner membrane protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1521  SNARE associated Golgi protein-like protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02024  hypothetical protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0907  hypothetical protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.339562  normal  0.188855 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0835  hypothetical protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2426  hypothetical protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6745  SNARE associated Golgi protein  34.36 
 
 		 189 aa  97.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1474  DedA family protein  34.78 
 
 		 204 aa  97.1  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2271  hypothetical protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3263  hypothetical protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0121567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1511  SNARE associated Golgi protein  37.58 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1350  SNARE associated Golgi protein  34.62 
 
 		 187 aa  95.5  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00752365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1159  hypothetical protein  36.56 
 
 		 196 aa  88.6  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1443  membrane protein, DedA family  36.56 
 
 		 196 aa  88.6  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.611046  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1607  phage integrase family site specific recombinase  29.24 
 
 		 201 aa  87.4  9e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000335594  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2869  SNARE associated Golgi protein  31.37 
 
 		 203 aa  87.4  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0399631 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0036  hypothetical protein  34.52 
 
 		 204 aa  85.5  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2487  hypothetical protein  33.77 
 
 		 194 aa  81.3  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.35222  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0542  SNARE associated Golgi protein  25.41 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00029156  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0935  DedA family protein  29.55 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.754047  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0886  DedA family protein  29.78 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0504  integral membrane protein  26.49 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1006  DedA family protein  29.94 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.738671  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1316  preprotein translocase, YajC subunit  31.61 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000599  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2694  inner membrane protein YohD  33.51 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0915  hypothetical protein  32.97 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00745427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2135  DedA family protein  30.46 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0232  phosphoesterase, PA-phosphatase related  39.42 
 
 		 457 aa  72.8  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2291  SNARE associated Golgi protein  29.89 
 
 		 202 aa  72  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1215  hypothetical protein  23.2 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.758432  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1045  DedA family protein  27.12 
 
 		 204 aa  72  0.000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.429498  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0679  conserved hypothetical integral membrane protein, DedA family  30.77 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1168  DedA family protein  26.06 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.247815  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0628  hypothetical protein  27.32 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.341746 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3663  SNARE associated Golgi protein-like protein  30.48 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1497  SNARE associated Golgi protein-like protein  26.25 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.330026  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0838  hypothetical protein  34.09 
 
 		 229 aa  67.8  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2311  SNARE associated Golgi protein  24.31 
 
 		 259 aa  67  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000116146 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1400  integral membrane protein  23.78 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.965854  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2715  SNARE associated Golgi protein  27.03 
 
 		 221 aa  67  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65306 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0031  hypothetical protein  28.8 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2482  dedA protein  31.41 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.323289  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0010  hypothetical protein  31.25 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.163704  normal  0.0549348 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2070  SNARE associated Golgi protein-related protein  35.95 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000366664  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1307  GTP-binding protein  24.47 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0416159  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30240  uncharacterized membrane-associated protein  29.61 
 
 		 228 aa  64.7  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.397546 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0132  SNARE associated Golgi protein  30.52 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.365407  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0519  DedA family protein  21.81 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.72895  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0127  hypothetical protein  30.52 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0887  integral membrane protein  26.47 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2971  SNARE associated Golgi protein-related protein  26.77 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2579  hypothetical protein  24.31 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00440757  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1695  integral membrane protein  25 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1224  DedA family protein  21.28 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4992  SNARE associated Golgi protein  28.96 
 
 		 200 aa  60.8  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2349  SNARE associated Golgi protein-like protein  32.58 
 
 		 194 aa  60.8  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.913999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1344  DedA family protein  21.28 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0240972  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1818  SNARE associated Golgi protein  30.36 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.685944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1394  SNARE associated Golgi protein  29.71 
 
 		 256 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0282  DedA family protein  27.92 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2475  SNARE associated Golgi protein  32.09 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4020  SNARE associated Golgi protein-related protein  33.58 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932432  normal  0.0663531 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1944  SNARE associated Golgi protein  35.25 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1082  SNARE associated Golgi protein  32.7 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1720  DedA family protein  25.58 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1164  SNARE associated Golgi protein  29.55 
 
 		 203 aa  57.8  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1332  integral membrane protein  26.35 
 
 		 185 aa  57.4  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4353  DedA family membrane protein  28.4 
 
 		 247 aa  57  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1084  DedA-like protein  23.88 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.672419  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01105  hypothetical protein  21.28 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1317  SNARE associated Golgi protein  27.54 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0112006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2256  SNARE associated Golgi protein  30.37 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004319  membrane protein  26.35 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2588  SNARE associated Golgi protein  23.23 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2536  SNARE associated Golgi protein  23.23 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0676  SNARE associated Golgi protein-like protein  29.24 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.275505  normal  0.285767 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0819  DedA family protein  21.88 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>