More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2135 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2135  DedA family protein  100 
 
 
202 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2291  SNARE associated Golgi protein  98.02 
 
 
202 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0105  SNARE associated Golgi protein  56.92 
 
 
208 aa  228  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3867  DedA family protein  52.31 
 
 
198 aa  216  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46140  DedA family membrane-associated protein  48.76 
 
 
202 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0874332  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0095  DedA family protein  52.25 
 
 
205 aa  197  7e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2737  SNARE associated Golgi protein  46.83 
 
 
206 aa  183  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.388255  normal  0.958337 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2364  hypothetical protein  49.17 
 
 
205 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000112613  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0191  alkaline phosphatase  41.71 
 
 
209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0996912 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4718  SNARE associated Golgi protein-like protein  40.58 
 
 
207 aa  177  1e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.517829  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0619  hypothetical protein  46.63 
 
 
211 aa  176  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.512378  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1977  SNARE associated Golgi protein  43.26 
 
 
201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.669435 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1081  putative alkaline phosphatase  43.75 
 
 
198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17501  DedA family alkaline phosphatase-like protein  40.3 
 
 
220 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0574  SNARE associated Golgi protein  43.22 
 
 
199 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.24948  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2080  hypothetical protein  42.56 
 
 
199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0320169  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20761  DedA family alkaline phosphatase-like protein  41.4 
 
 
218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.167528  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0103  putative alkaline phosphatase-like protein  46.06 
 
 
219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0147  putative alkaline phosphatase-like protein  45.78 
 
 
219 aa  161  7e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629007  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1201  DedA family alkaline phosphatase-like protein  45.06 
 
 
218 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0260  alkaline phosphatase-like protein  40.4 
 
 
202 aa  152  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.894036  normal  0.360147 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0514  alkaline phosphatase  45.4 
 
 
206 aa  151  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1046  SNARE associated Golgi protein-related protein  45.09 
 
 
202 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3743  SNARE associated Golgi protein  41.67 
 
 
215 aa  148  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362202  normal  0.890971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2342  SNARE associated Golgi protein-like protein  43.02 
 
 
228 aa  142  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43138  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0282  DedA family protein  39.57 
 
 
202 aa  141  7e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0601  SNARE associated Golgi protein-related protein  43.59 
 
 
205 aa  141  8e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2075  DedA family protein  36.42 
 
 
204 aa  137  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.190236  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5727  SNARE associated Golgi protein-related protein  44.05 
 
 
206 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.196886  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25760  uncharacterized membrane-associated protein  39.69 
 
 
228 aa  134  9e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1717  DedA family alkaline phosphatase-like protein  41.3 
 
 
219 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18740  uncharacterized membrane-associated protein  39.15 
 
 
248 aa  131  5e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.829246  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2536  SNARE associated Golgi protein  31.34 
 
 
203 aa  131  6.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2588  SNARE associated Golgi protein  31.34 
 
 
203 aa  131  6.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2975  SNARE associated Golgi protein  40.26 
 
 
216 aa  130  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0123855  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0707  hypothetical protein  39.41 
 
 
210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0652069  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1078  DedA family protein  34.85 
 
 
195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1970  hypothetical protein  40.12 
 
 
232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01771  DedA family alkaline phosphatase-like protein  46.91 
 
 
223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1314  SNARE associated Golgi protein-related protein  33.99 
 
 
201 aa  129  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.38918  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2381  SNARE associated Golgi protein  45 
 
 
224 aa  129  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.273471 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06150  uncharacterized membrane-associated protein  41.67 
 
 
205 aa  128  5.0000000000000004e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.430266  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18161  DedA family alkaline phosphatase-like protein  36.1 
 
 
219 aa  128  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4049  alkaline phosphatase  35 
 
 
213 aa  128  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.257312  hitchhiker  0.00220744 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18341  DedA family alkaline phosphatase-like protein  39.33 
 
 
218 aa  127  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0747  alkaline phosphatase  33 
 
 
214 aa  127  9.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0119068  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1027  SNARE associated Golgi protein  38.1 
 
 
325 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9346  alkaline phosphatase  35.29 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.965489  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0819  DedA family protein  35.18 
 
 
202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1772  SNARE associated Golgi protein  33.99 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2976  DedA family protein  36.68 
 
 
198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.819904  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2233  SNARE associated Golgi protein  38.42 
 
 
266 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.300911  normal  0.0707133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0611  SNARE associated Golgi protein  40.59 
 
 
208 aa  125  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0502  hypothetical protein  37.21 
 
 
207 aa  125  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.773661  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0625  SNARE associated Golgi protein  37.37 
 
 
203 aa  124  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.21493e-35 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1349  SNARE associated Golgi protein-like protein  34.66 
 
 
241 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2092  hypothetical protein  36.84 
 
 
266 aa  123  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.613654  normal  0.0908171 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1401  hypothetical protein  40 
 
 
200 aa  123  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1043  SNARE associated Golgi protein  39.39 
 
 
197 aa  122  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0869  hypothetical protein  36.57 
 
 
203 aa  122  3e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0130  hypothetical protein  37.14 
 
 
215 aa  122  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1302  DedA family protein  35.67 
 
 
212 aa  122  4e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.262932  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1806  hypothetical protein  31.34 
 
 
203 aa  122  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.87635  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1183  DedA family protein  36.65 
 
 
200 aa  122  4e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1749  hypothetical protein  36.75 
 
 
212 aa  121  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18131  DedA family alkaline phosphatase-like protein  38.2 
 
 
219 aa  120  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  decreased coverage  0.00672405  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1869  alkaline phosphatase  38.25 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4919  SNARE associated Golgi protein-related protein  35.35 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.19679  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0604  SNARE associated Golgi protein-like protein  39.29 
 
 
194 aa  119  3e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.00110976  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2081  putative integral membrane protein dedA-like protein  40.24 
 
 
202 aa  119  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.253435  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1601  hypothetical protein  41.77 
 
 
202 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.851852  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0719  hypothetical protein  38.55 
 
 
208 aa  118  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000531966  normal  0.139707 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1070  ribosomal protein L22  32.5 
 
 
199 aa  117  9e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00380  uncharacterized membrane-associated protein  36.63 
 
 
225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.157749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0079  membrane protein  41.95 
 
 
217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0636  SNARE associated Golgi protein  44.44 
 
 
217 aa  115  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2546  hypothetical protein  38.12 
 
 
218 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03490  uncharacterized membrane-associated protein  33.99 
 
 
216 aa  115  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0339  SNARE associated Golgi protein  34.92 
 
 
206 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000282866  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1303  SNARE associated Golgi protein  36.88 
 
 
218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0280885  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1084  DedA-like protein  31.66 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.672419  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1404  SNARE associated Golgi protein  36.88 
 
 
218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2066  hypothetical protein  38.36 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1959  hypothetical protein  35.78 
 
 
211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.822135 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1053  SNARE associated Golgi protein-related protein  37.65 
 
 
222 aa  112  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2412  SNARE associated Golgi protein  38.04 
 
 
202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000349657  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1525  SNARE associated Golgi protein  39.6 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.365911  hitchhiker  0.00841691 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36950  uncharacterized membrane-associated protein  38.01 
 
 
241 aa  112  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0759  SNARE associated Golgi protein  38.51 
 
 
202 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.259781  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1030  SNARE associated Golgi protein-like protein  34.55 
 
 
203 aa  108  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3002  SNARE associated Golgi protein  36.59 
 
 
205 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0665  SNARE associated Golgi protein  32.66 
 
 
212 aa  104  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.267065  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0291  SNARE associated Golgi protein  38.12 
 
 
239 aa  104  8e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.702057  normal  0.0958134 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1693  SNARE associated Golgi protein  33.55 
 
 
203 aa  104  8e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1836  SNARE associated Golgi protein  32.54 
 
 
208 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0606  SNARE associated Golgi protein-related protein  37.58 
 
 
231 aa  101  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0234  SNARE associated Golgi protein  35.53 
 
 
178 aa  101  8e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0722  SNARE associated Golgi protein  33.33 
 
 
201 aa  101  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1952  DedA family protein  37.09 
 
 
215 aa  100  2e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2436  dedA family protein  34.5 
 
 
201 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.243294  normal  0.259083 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>