More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2688 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2112  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  74.6 
 
 
463 aa  710    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  0.278449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3161  benzoate dioxygenase, alpha subunit  99.34 
 
 
452 aa  947    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.123489  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0187  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.83 
 
 
455 aa  692    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132533  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2368  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  73.19 
 
 
449 aa  698    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2778  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit:Rieske (2Fe-2S) region  71.98 
 
 
446 aa  696    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.604479  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1134  ring hydroxylating dioxygenase alpha subunit  73.23 
 
 
462 aa  700    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4403  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.54 
 
 
465 aa  692    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2321  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  89.38 
 
 
452 aa  866    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2968  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  89.82 
 
 
452 aa  871    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0473  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.83 
 
 
455 aa  690    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3096  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  73.96 
 
 
444 aa  692    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1324  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  72.98 
 
 
442 aa  701    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0915  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha BenA  72.21 
 
 
463 aa  693    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1556  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.83 
 
 
455 aa  692    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2581  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  72.6 
 
 
455 aa  691    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08590  Benzoate-1,2-dioxygenase oxygenase component, alpha subunit  75.88 
 
 
453 aa  733    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5352  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  71.85 
 
 
455 aa  681    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.587151 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1267  Rieske (2Fe-2S) region  66.36 
 
 
460 aa  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4882  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha  71.43 
 
 
464 aa  682    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2688  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  100 
 
 
457 aa  962    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2719  benzoate 1,2-dioxygenase large subunit  80.18 
 
 
455 aa  786    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2725  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  72.6 
 
 
455 aa  691    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0215  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.83 
 
 
455 aa  692    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2710  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  96.02 
 
 
452 aa  927    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.109533 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32080  toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  81.08 
 
 
455 aa  785    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  99.34 
 
 
452 aa  947    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1360  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.83 
 
 
455 aa  692    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409258  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.72 
 
 
452 aa  619  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.174297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1364  Rieske (2Fe-2S) domain protein  64.61 
 
 
452 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0122744  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1428  Rieske (2Fe-2S) domain protein  63.95 
 
 
452 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0496525  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1177  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  65.22 
 
 
452 aa  613  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0599203  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1591  Rieske (2Fe-2S) domain protein  61.86 
 
 
452 aa  610  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109039  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1407  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.95 
 
 
462 aa  608  1e-173  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0632088  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1373  Rieske (2Fe-2S) region  64.12 
 
 
462 aa  608  1e-173  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1391  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.12 
 
 
462 aa  608  1e-173  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.109638  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6131  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.5 
 
 
452 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1306  Rieske (2Fe-2S) region  63.62 
 
 
452 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6524  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.62 
 
 
452 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7046  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  62.05 
 
 
457 aa  599  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.296981 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0538  Rieske (2Fe-2S) protein  62.64 
 
 
444 aa  597  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6299  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  61.38 
 
 
452 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410726 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6584  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  61.83 
 
 
452 aa  594  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208794  normal  0.710082 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1297  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  63.84 
 
 
458 aa  588  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.05 
 
 
456 aa  587  1e-166  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141435  normal  0.0753315 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4158  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  63.38 
 
 
475 aa  580  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2634  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  59.6 
 
 
450 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1761  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  52.09 
 
 
470 aa  496  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.104126 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  50.57 
 
 
492 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32160  anthranilate dioxygenase large subunit  48.88 
 
 
464 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2725  anthranilate 1,2-dioxygenase, large subunit  48.21 
 
 
464 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.790052  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1680  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  41.82 
 
 
447 aa  360  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.75 
 
 
443 aa  222  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212221  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1758  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.41 
 
 
428 aa  220  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2898  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.41 
 
 
434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502891  normal  0.614972 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3556  p-cumate dioxygenase large subunit (CmtAb)  31.41 
 
 
434 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.137255  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37570  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  31.78 
 
 
424 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.925134  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3192  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  34.32 
 
 
432 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.47 
 
 
427 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1531  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.7 
 
 
433 aa  204  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0185016 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5382  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
438 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1874  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.66 
 
 
436 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.12 
 
 
418 aa  196  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.43 
 
 
430 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.03 
 
 
429 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  30.99 
 
 
423 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.27 
 
 
427 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.5 
 
 
440 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000409814  normal  0.0305498 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.27 
 
 
427 aa  188  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  32.64 
 
 
427 aa  187  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  32.18 
 
 
427 aa  186  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.69 
 
 
429 aa  186  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.942727 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.36 
 
 
448 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.45 
 
 
427 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.45 
 
 
427 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  31.73 
 
 
427 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3235  putative toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  32.47 
 
 
446 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.41 
 
 
427 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1493  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.46 
 
 
437 aa  182  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.507919  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4897  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.81 
 
 
435 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227325  normal  0.4666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0890  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  33.6 
 
 
497 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145074  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2679  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.36 
 
 
437 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0546  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.01 
 
 
466 aa  171  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0537  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.01 
 
 
466 aa  171  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.689442  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4071  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.1 
 
 
429 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.177236  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1716  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.75 
 
 
466 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.77849  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1660  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.75 
 
 
466 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1689  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.75 
 
 
466 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.550846  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0636  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.45 
 
 
455 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1595  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.21 
 
 
483 aa  160  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1622  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.21 
 
 
484 aa  160  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0299575  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1647  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.21 
 
 
484 aa  160  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0595  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.5 
 
 
483 aa  159  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2690  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  28.34 
 
 
453 aa  159  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.163483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02430  3-phenylpropionate dioxygenase, large (alpha) subunit  28.07 
 
 
453 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1130  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  28.07 
 
 
453 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02394  hypothetical protein  28.07 
 
 
453 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2691  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  28.07 
 
 
453 aa  158  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.244955  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1139  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  28.07 
 
 
453 aa  158  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1197  biphenyl 2,3-dioxygenase alpha subunit (BphA1)  26.94 
 
 
459 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2485  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.11 
 
 
447 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>