More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4882 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3161  benzoate dioxygenase, alpha subunit  71.66 
 
 
452 aa  683    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.123489  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2688  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  71.43 
 
 
457 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2112  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  74.94 
 
 
463 aa  729    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  0.278449 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0187  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  81.05 
 
 
455 aa  793    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132533  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2778  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit:Rieske (2Fe-2S) region  68.25 
 
 
446 aa  657    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.604479  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4403  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  88.34 
 
 
465 aa  871    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2725  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  80.83 
 
 
455 aa  792    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2710  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  71.66 
 
 
452 aa  684    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.109533 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2368  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  72.87 
 
 
449 aa  699    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08590  Benzoate-1,2-dioxygenase oxygenase component, alpha subunit  72.89 
 
 
453 aa  682    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2321  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.15 
 
 
452 aa  691    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2968  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  72.18 
 
 
452 aa  687    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2719  benzoate 1,2-dioxygenase large subunit  73.39 
 
 
455 aa  685    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  71.66 
 
 
452 aa  683    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0473  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  81.26 
 
 
455 aa  799    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1134  ring hydroxylating dioxygenase alpha subunit  71.56 
 
 
462 aa  686    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0915  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha BenA  84.06 
 
 
463 aa  824    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0215  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  81.05 
 
 
455 aa  793    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1267  Rieske (2Fe-2S) region  73.17 
 
 
460 aa  714    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4882  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 
464 aa  978    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1556  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  81.05 
 
 
455 aa  793    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3096  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  70.07 
 
 
444 aa  662    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32080  toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  73.73 
 
 
455 aa  682    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1360  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  81.05 
 
 
455 aa  793    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409258  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5352  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  79.74 
 
 
455 aa  780    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.587151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1324  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  73.58 
 
 
442 aa  697    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2581  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  80.83 
 
 
455 aa  792    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  65.45 
 
 
452 aa  619  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.174297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1364  Rieske (2Fe-2S) domain protein  63.53 
 
 
452 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0122744  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6131  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.07 
 
 
452 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1391  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.03 
 
 
462 aa  607  1e-173  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.109638  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1306  Rieske (2Fe-2S) region  63.3 
 
 
452 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1373  Rieske (2Fe-2S) region  62.03 
 
 
462 aa  607  1e-173  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6524  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.3 
 
 
452 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1407  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  61.95 
 
 
462 aa  605  9.999999999999999e-173  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0632088  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1428  Rieske (2Fe-2S) domain protein  62.47 
 
 
452 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0496525  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1591  Rieske (2Fe-2S) domain protein  61.2 
 
 
452 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109039  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7046  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  60.79 
 
 
457 aa  599  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.296981 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1177  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  61.85 
 
 
452 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0599203  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.27 
 
 
456 aa  600  1e-170  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141435  normal  0.0753315 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6299  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  62.27 
 
 
452 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410726 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6584  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  61.82 
 
 
452 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208794  normal  0.710082 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1297  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  64.07 
 
 
458 aa  590  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4158  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  61.28 
 
 
475 aa  577  1.0000000000000001e-163  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0538  Rieske (2Fe-2S) protein  60.32 
 
 
444 aa  576  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2634  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  58.58 
 
 
450 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1761  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  51.6 
 
 
470 aa  494  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.104126 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  49.66 
 
 
492 aa  449  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2725  anthranilate 1,2-dioxygenase, large subunit  46.91 
 
 
464 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.790052  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32160  anthranilate dioxygenase large subunit  47.99 
 
 
464 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1680  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  39.59 
 
 
447 aa  349  7e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1758  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  33 
 
 
428 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
443 aa  230  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212221  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5382  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.26 
 
 
438 aa  216  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3192  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  33.67 
 
 
432 aa  213  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37570  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  31.06 
 
 
424 aa  212  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.925134  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 
418 aa  212  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.42 
 
 
427 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3556  p-cumate dioxygenase large subunit (CmtAb)  29.85 
 
 
434 aa  208  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.137255  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.9 
 
 
440 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000409814  normal  0.0305498 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.39 
 
 
429 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2898  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.72 
 
 
434 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502891  normal  0.614972 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1531  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.12 
 
 
433 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0185016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1874  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.82 
 
 
436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.71 
 
 
429 aa  196  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.942727 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  33.6 
 
 
427 aa  196  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
427 aa  196  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.8 
 
 
427 aa  196  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
427 aa  195  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  29.9 
 
 
423 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.16 
 
 
448 aa  193  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.8 
 
 
427 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.8 
 
 
427 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.21 
 
 
430 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.85 
 
 
427 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  31.3 
 
 
427 aa  186  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4897  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.58 
 
 
435 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227325  normal  0.4666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4071  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.03 
 
 
429 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.177236  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0636  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.95 
 
 
455 aa  176  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1493  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.67 
 
 
437 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.507919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0890  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.34 
 
 
497 aa  170  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145074  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1995  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.55 
 
 
450 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1343  Rieske (2Fe-2S) protein  29.56 
 
 
436 aa  168  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4363  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.67 
 
 
487 aa  168  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000470921  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7073  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.91 
 
 
445 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267212  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3840  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.35 
 
 
450 aa  167  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2679  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.21 
 
 
437 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4415  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.93 
 
 
446 aa  167  5e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415837  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2690  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  29.75 
 
 
453 aa  166  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.163483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3235  putative toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  29.23 
 
 
446 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0537  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.63 
 
 
466 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.689442  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02430  3-phenylpropionate dioxygenase, large (alpha) subunit  29.5 
 
 
453 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1130  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  29.5 
 
 
453 aa  164  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1139  aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit-like protein  29.5 
 
 
453 aa  164  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02394  hypothetical protein  29.5 
 
 
453 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2691  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  29.5 
 
 
453 aa  164  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.244955  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0546  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  30.63 
 
 
466 aa  164  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5855  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.65 
 
 
447 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0274508  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1639  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.65 
 
 
463 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.548645  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5458  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  27.65 
 
 
447 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>