More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1364 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_3238  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  88.39 
 
 
452 aa  856    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.174297 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7046  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  88.72 
 
 
457 aa  860    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.296981 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0538  Rieske (2Fe-2S) protein  70.78 
 
 
444 aa  680    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6299  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  87.83 
 
 
452 aa  852    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410726 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1591  Rieske (2Fe-2S) domain protein  86.28 
 
 
452 aa  843    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109039  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2634  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  69.5 
 
 
450 aa  673    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1306  Rieske (2Fe-2S) region  89.82 
 
 
452 aa  865    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6584  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  88.05 
 
 
452 aa  851    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208794  normal  0.710082 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1428  Rieske (2Fe-2S) domain protein  95.58 
 
 
452 aa  917    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0496525  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1364  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
452 aa  954    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0122744  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6524  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  89.82 
 
 
452 aa  865    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1177  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  81.86 
 
 
452 aa  804    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0599203  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6131  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  89.38 
 
 
452 aa  863    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2368  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  65.75 
 
 
449 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1134  ring hydroxylating dioxygenase alpha subunit  65.45 
 
 
462 aa  629  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0915  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha BenA  65.66 
 
 
463 aa  621  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1324  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  64.61 
 
 
442 aa  620  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3161  benzoate dioxygenase, alpha subunit  64.61 
 
 
452 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.123489  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2554  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.61 
 
 
452 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08590  Benzoate-1,2-dioxygenase oxygenase component, alpha subunit  65.28 
 
 
453 aa  617  1e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2112  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  64.38 
 
 
463 aa  616  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  0.278449 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2688  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  64.61 
 
 
457 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2710  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  63.47 
 
 
452 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.109533 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2968  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.99 
 
 
452 aa  609  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4882  benzoate 1,2-dioxygenase subunit alpha  63.53 
 
 
464 aa  609  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4403  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.16 
 
 
465 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0473  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.62 
 
 
455 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0187  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.39 
 
 
455 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132533  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0215  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.39 
 
 
455 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2321  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.66 
 
 
452 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1556  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.39 
 
 
455 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2725  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  63.16 
 
 
455 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2719  benzoate 1,2-dioxygenase large subunit  62.56 
 
 
455 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.602159  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2581  benzoate 1,2 dioxygenase, alpha subunit  63.16 
 
 
455 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5352  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  63 
 
 
455 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.587151 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1360  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  63.39 
 
 
455 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409258  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2778  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit:Rieske (2Fe-2S) region  62.16 
 
 
446 aa  598  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.604479  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3096  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  63.43 
 
 
444 aa  598  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32080  toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  61.7 
 
 
455 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1267  Rieske (2Fe-2S) region  60.51 
 
 
460 aa  580  1e-164  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1391  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  59.87 
 
 
462 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.109638  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1407  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  60.09 
 
 
462 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0632088  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1297  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  61.47 
 
 
458 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1373  Rieske (2Fe-2S) region  59.87 
 
 
462 aa  575  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  61.09 
 
 
456 aa  569  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141435  normal  0.0753315 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4158  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  60.51 
 
 
475 aa  546  1e-154  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1761  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  49 
 
 
470 aa  462  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.104126 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  50.23 
 
 
492 aa  434  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32160  anthranilate dioxygenase large subunit  46.21 
 
 
464 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2725  anthranilate 1,2-dioxygenase, large subunit  45.75 
 
 
464 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.790052  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1680  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  38.95 
 
 
447 aa  326  5e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.801472  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1758  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.59 
 
 
428 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37570  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  30.95 
 
 
424 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.925134  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.4 
 
 
418 aa  204  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.08 
 
 
429 aa  202  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5382  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.59 
 
 
438 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.83 
 
 
443 aa  200  3e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212221  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3556  p-cumate dioxygenase large subunit (CmtAb)  30.56 
 
 
434 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.137255  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1531  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33 
 
 
433 aa  199  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0185016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2898  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.26 
 
 
434 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502891  normal  0.614972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.49 
 
 
427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  29.65 
 
 
423 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1874  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.42 
 
 
436 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  32.18 
 
 
427 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3192  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.76 
 
 
432 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1826  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.2 
 
 
429 aa  187  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.942727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.12 
 
 
427 aa  187  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  31.89 
 
 
427 aa  187  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.9 
 
 
427 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.16 
 
 
427 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.16 
 
 
427 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.16 
 
 
427 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  31 
 
 
427 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1493  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.15 
 
 
437 aa  183  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.507919  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.33 
 
 
430 aa  182  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.71 
 
 
448 aa  183  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3235  putative toluate 1,2-dioxygenase alpha subunit  31.99 
 
 
446 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.358123 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2679  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.97 
 
 
437 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.66 
 
 
440 aa  178  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000409814  normal  0.0305498 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0890  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  34.15 
 
 
497 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145074  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1343  Rieske (2Fe-2S) protein  30.13 
 
 
436 aa  171  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0546  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.67 
 
 
466 aa  170  6e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0537  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.67 
 
 
466 aa  169  7e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.689442  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3840  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.2 
 
 
450 aa  169  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4415  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.41 
 
 
446 aa  168  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415837  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1660  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.21 
 
 
466 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1689  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.21 
 
 
466 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.550846  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1716  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.21 
 
 
466 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.77849  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7073  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  31.25 
 
 
445 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0267212  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4897  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  28.71 
 
 
435 aa  162  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227325  normal  0.4666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4071  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.33 
 
 
429 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.177236  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3842  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  29.78 
 
 
455 aa  160  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2690  3-phenylpropionate dioxygenase alpha subunit  28.69 
 
 
453 aa  159  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.163483  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5855  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.93 
 
 
447 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0274508  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2685  Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase subunit alpha  37.56 
 
 
444 aa  159  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.136091 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5458  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.93 
 
 
447 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5639  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.7 
 
 
463 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.726822  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0640  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.7 
 
 
463 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.409215  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1639  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.7 
 
 
463 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.548645  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1690  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  26.7 
 
 
463 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.688738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>